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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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魚類立克次體症
1.病原概述
病原型別：細菌
病原環境： 淡水及海水
學名： Piscirickettsia salmonis
病名(及俗名)：Salmonid rickettsial septicemia (SRS), Coho salmon syndrome
最早發現者： Bravo等(1989).在智利發現本症，Fryer 等(1990, 1992)分離及正式命名。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：革蘭氏陰性、營養需求高、絕對魚類細胞質內生長的細菌。親緣關係上，它與Coxiella 及 Francisella 有些微親緣關係。.
命名沿革：最早由Fryer 等(1992) 命名 。
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鯉魚春季毒血症
病原型別：病毒
病原環境：淡水
學名：Spring viremia of carp virus
病名(及俗名)：SVC, Rhabdovirus carpio
最早發現者：Fijan et al. (1971)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)。
病原摘要：
本病毒暫時分類於棒狀病毒科(Rhabdoviridae)，疱病毒屬(Vesiculovirus)。由單鏈、負股核醣核酸組成。基因組包含11019個核苷酸，可轉譯出5個結構蛋白質：核蛋白（nucleoprotein, N）、磷蛋白（phosphoprotein, P）、基質蛋白（matrix protein, M）、醣蛋白（glycoprotein, G）及核醣核酸相關聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase, L）。 五個結構蛋白質在基因組上排列順序為3’-N-P-M-G-L- 5’。
P及N蛋白與病毒的基因組相接合，與病毒的轉錄及複製有關
G蛋白在病毒表面形成三聚體包膜突起，與細胞上的接受體結合可引起胞吞作用。G蛋白同時具有可引起魚類中和抗體的抗原決定位 。L蛋白為核醣核酸聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase) ，與複製有關 。
魚類棒狀病毒（piscine rhabdovirus）分為四個基因型。第一基因型（SVCV）、第二基因型（grass carp rhabdovirus）、第三基因型（pike fry rhabdovirus） 及第四基因型（tench rhabdovirus）。 第一基因型 (SVCV) 又細分為四個基因亞型：Ia基因型病毒(亞洲)、Ib及Ic基因型病毒(摩爾達維亞Moldova，烏克蘭及蘇俄)，Id基因型病毒(英國，前蘇聯) 。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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梨形四膜蟲症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Tetrahymena corlissi、Tet. pyriformis、Tet. faurei、Tet. rostrata
病名(及俗名)：Tetrahymena infection、TET disease、Guppy disease
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
橢圓梨形小纖毛蟲(30-60 x 50-100 μm)，放射狀、對稱的體形，表面佈滿20-30排的纖毛縱列(Kinety)。 口腔內具有特殊的纖毛口器(oral ciliary apparatus)， 口腔右側具有側口膜(paraoral membrane)，三個連續排列的膜則位於左側。 口腔的底部為進食開口處(cytostome)。 口腔的後緣有一至三排纖毛縱列。繁殖採用二分裂法；但有些會產生生殖囊泡，內含二至八個幼蟲(tomite)。大部分對魚而言是機緣性寄生；少部分則為絕對寄生，引起魚類致死的寄生蟲。
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傳染性造血組織壞死症
病原型別：virus(病毒)
病原環境：fresh water or sea water(淡水或海水)
學名：
病名(及俗名)：
最早發現者：於1940-1950年間於北美太平洋岸區於幼鮭魚發生嚴重疫情，之後認定是感染IHNV(wolf 1988)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
IHNV 病毒為 Novirhabdovirus 病毒外觀形狀為子彈樣(bullet shaped)，一般大小為長度約150-190nm間直徑約65-75nm(Roberts 2001)，為一negative-sense 單股RNA病毒，分子大小約11,000 個nucleotides 轉譯後具有6個病毒蛋白分別為 nucleoprotein (N), phosphoprotein (之前稱為 M1), a matrix protein (之前稱為 M2), glycoprotein (G), non-virion protein (NV), and 及 polymerase (L)。
病毒對熱(heat)、酸(acid)及 乙醚(ether)不穩定。但於淡水中至少可存活1個月，特別於水中富有有機物質(organic material)時會更穩定，一般之消毒劑或乾燥可不活化病毒(wolf 1988)。
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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病毒性神經壞死病
描述
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：病毒性神經壞死病(viral Nervous Necrosis；VNN)，病毒性腦病及視網膜病(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)
最早發現者：Bellance及Gellet de Saint Aurin(1988)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
無封套，直徑約20nm-35nm，呈二十面體結構，內含有兩條正向單股RNA分子，分子量分別為Mr1.17和0.48。於酸性環境中穩定，而60℃下1小時即失去活性。(莊蕙菁，2005)
人畜共通：No
病原分類
2.病原分類
Nodaviridae科， betanodavirus屬，海水魚神經壞死病毒分離株比對外鞘蛋白質基因序列 ( T4 )，可分成 ( SJ ) NNV、( TP ) NNV、( BF ) NNV、( RG ) NNV四種基因型，用交叉中和反應檢測四種NNV基因型之間的血清類源關係，分成三種血清型：SJNNV為一型，TPNNV為一型，BFNNV和RGNNV 則歸在一型，然而BFNNV的宿主皆為冷水魚，而RGNNV的宿主皆為溫水魚。台灣目前所有的分離株皆屬於RGNNV基因型。(中華民國水產種苗協會，2006)
別名：
命名沿革：1992年日本條紋鰺中發現類VNN病例，命名為條紋鰺神經壞死病毒(striped jack nervous necrosis virus,SJNNV)，魚類因病毒感染不同魚種而有不同的疾病名稱，如歐洲養殖鮃魚的腦炎(encephalo-myelitis)、法國海鱸和挪威大西洋比目魚的病毒性腦病及視網膜病變(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)及法國海鱸的魚類腦炎(fish encephalotis)。
疾病特性
感染路徑：本病除可藉由種魚垂直感染及病魚水平傳染外，亦可藉由食入帶原病毒之生物餌料及養殖池所使用的網具和桶子而相互感染。(Skliris GP，1998)
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海水性四膜纖毛蟲症
1.病原概述
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名： Uronema marinum
病名(及俗名)：海水性四膜纖毛蟲症，又名海洋尾絲蟲症
最早發現者：Thompson and Moewus（1964）
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：此纖毛蟲呈橢圓形或梨形，尾部有纖毛，故有文獻譯名為海洋尾絲蟲，大小約30-50μm。
人畜共通：No
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疱疹樣病毒病
1. 病原概述
病原型別：virus
病原環境：Sea Water
學名：herpes-like virus
病名(及俗名)：herpes-like virus
最早發現者：Chang et al. (2005)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
二十面體、大小約為100nm之 病毒顆粒，經鑑定為屬DNA 病毒之疱疹樣 病毒 (herpes-like virus)
人畜共通：非人畜共通
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盾狀纖毛蟲感染症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名： Scuticociliatia
病名(及俗名)：盾狀纖毛蟲感染症
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
病原摘要：纖毛蟲的長度約30 -40 μm，寬度約18 -20 μm，細長呈紡錘狀，後部呈 圓形而 頭部呈尖細。後部可見能收縮的液泡，在中央可見球狀的巨核與小核，身體覆蓋纖毛，體前部2/3包括由dikinetids組成的11到14排的睫狀層(運動)，纖毛蟲的尾部較狹長。細胞肛門位在非纖毛的頂部中心，也就是位在最初與最後的運動區域和下面的口器。口器口在前半部的細胞觀察到，雖然 口部的纖毛不能完整的見到，盡可能的見到右邊的側口膜。
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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膿疱症
形成 膿疱的原因多元，感染性的病原如 細菌、 黴菌、 寄生蟲及包埋於組織間的異物，這些病原或異物若未清除，會造成滲出液的堆積，堆積的滲出液則會刺激 纖維素性<的外鞘生成，最後堅硬的纖維性的外壁會包覆整個 膿疱。在 爬蟲類提供外源性病原入侵的通道包括 皮膚、消化道、或肺，一旦病原進入體內，便可藉由血行擴散至任何器官。
健康的 爬蟲類可以抵抗輕微的感染而無明顯的長期副作用，但在體質不佳的 爬蟲類則會造成危害，不良的飼養管理尤其是個指標。
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包涵體病
病因: family Retroviridae。
症狀: IBD沒有特殊的臨床症狀，任何蚺科蛇類出現 急性的 神經症狀或
是 慢性漸進性的衰弱就可懷疑是IBD的感染，特別在 蟒科。
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蛇副黏液病毒
病因：Ophidian paramyxovirus (OPMV)
family paramyxoviridae.
症狀：副黏液 病毒感染沒有病源特有的臨床症狀，此疾病主要影響呼吸系統，但出現的症狀變化相當大，因此在臨床上診斷相當困難。
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鱷魚的西尼羅河病毒感染
病因：西尼羅河 病毒感染。
症狀：繞圈游泳,歪頭, 肌肉震顫,耗弱,厭食。
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鯉痘
鯉痘是一種良性的表皮 增生的疾病。可能是最早被發現的魚的 病毒性疾病，大約在四百年前即被發現。其最典型的症狀即為體表表皮的良性 增生，而形成 白色或乳 白色或灰 白色略為光亮且堅硬的，體表凸出的乳凸瘤(papilloma)。乳頭瘤是從 皮膚表皮的 上皮細胞 增生而來，不會轉移也沒有侵入性，但是在嚴重乳頭瘤 增生的魚也會看到 生長遲緩及 消瘦的現象。組織切片下可以看到表皮(epidermis) 的 增生，形成皺褶狀。也可見到核內包含體，被感染的核中央的染色質 (chromatin) 消失，遷移至核邊緣，形成空泡樣的核病變 (Calle et al., 1999)。
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