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馬爾太蟲病
病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境：海水（seawater）
學名： Marteilia refringens
病名（及俗名）：馬爾太蟲病（Marteiliosis）、Aber病（Aber disease），由另一馬爾太蟲稱為雪梨馬爾太蟲（ Marteilia sydneyi）引發商品化囊形牡蠣（ Saccostrea glomerata）所產生的疾病稱為QX病（QX disease）；另外尚有 M. lenghei感染牡礪（Crassostrea cucullata）， M. christenseni感染（Scrobicularia piperata P）(R)等蟲體侵害養殖雙枚貝觳類之報導。
最早發現者：Grize et al.(1974)(R)
OIE現況：表列（Listed）
病原摘要：
主要感染歐洲牡蠣（European flat oyster, Ostrea edulis），引起牡蠣致死之原蟲，在感染宿主腸道及鰓上皮細胞形成（直徑5至8μm）之初級細胞或幹細胞（primary cell或stem cell），然後在宿主上皮細胞質之空泡內由初級單核細胞（primary uninucleate cell）分裂成二級單核子細胞（Secondary uninucleate darghter cell）經過一系列的增裂分裂形成直徑3.5至4.5μm，具感染性之孢子。(R)
人畜共通：No
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魚類球蟲症
病原型別：原虫（Protozoa）
病原環境： 海水、半 淡水鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）
學名：有多種球虫種類，目前文獻記載計有Cryptosporidium spp., Isospora spp., Octosporella spp., Calyptospora spp., Goussia spp., Crystallospora spp., Epieimeria spp., Eimeria spp., 計8種虫體，其中以艾美球虫（ Eimeria spp.）感染種類最多，依Duszynski et al., 2000報告，超過1300種艾美球虫，被感染約有500種變溫動物（包括 魚類、爬虫類及 兩棲類）。
病名（及俗名）： 魚類球虫症（Coccidiosis of fish、piscine coccidiosis）
最早發現者：Eimeria Schneider,（1875）；Goussia Labbe,（1896）；Octosporella Ray & Raghavachari,（1942）；Calyptospora Overstreet et al.,（1984）；Epieimeria Dykova & Lom,（1981）；Isospora, Schneider,（1881）；Crystallospora Labbe,（1899）；Cryptosporidium Tyzzen,（1907）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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泄殖腔脫垂
主要是由於刺激性的原因造成器官及 肌肉過度用力，像是腸炎、膀胱 結石和 便秘而發生； 神經功能不足；陰莖或 半陰莖會因感染、以探針判別性別時、以及在交配時強行分開而脫出；雌性 輸卵管會因卵滯症及造成裡急後重的原因而脫出；膀胱會因為膀胱炎或 結石而脫出；結腸主要是因為裡急後重的用力、便祕、 細菌性及 寄生蟲性的腸炎而造成。
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隱孢子蟲症
病因：隱孢子蟲(Cryptosporidium.spp)感染，確認可感染的爬蟲的為 Cryptosporidium.serpentis
症狀：食慾精神低下及厭食，蛇類在進食後持續或週期性的發生 嘔吐或反逆症狀，可能嘔出未消化的食物。
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包涵體病
病因: family Retroviridae。
症狀: IBD沒有特殊的臨床症狀，任何蚺科蛇類出現 急性的 神經症狀或
是 慢性漸進性的衰弱就可懷疑是IBD的感染，特別在 蟒科。
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蛇副黏液病毒
病因：Ophidian paramyxovirus (OPMV)
family paramyxoviridae.
症狀：副黏液 病毒感染沒有病源特有的臨床症狀，此疾病主要影響呼吸系統，但出現的症狀變化相當大，因此在臨床上診斷相當困難。
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五角口蟲（舌形蟲）感染症
病因： Pentastomids.
症狀：通常會有呼吸道症狀，嚴重的話會引起化 膿性肺炎，造成死亡。
物種：主要是以有鱗目及鱷目為主要感染對象，尤其是在蛇類。
其他：人畜共通
目前在世界各地已經發現大約70種的五角口蟲，他們的外型介在蠕蟲和昆蟲之間，通常是以成蟲的型態被發現，成蟲的長度從0.5公分到20公分都有，主要是以感染 爬蟲類的肺臟為主，宿主包含烏龜、蛇、綠鬣蜥、鱷魚。
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沙門氏菌症
病因: S . enterica與S. bongori的許多亞種型都可以在兩爬類分離到, 近年來S. enterica 的亞種被定義, 其中S. arizonae及S. diarizonae亞種型各分別有94及321種血清型與兩爬類最為相關。
症狀: 沙門氏菌在許多 爬蟲類屬於常在菌，從沒有臨床症狀到突然死亡都可能，包括 輸卵管炎、 皮膚炎、骨隨炎、敗血症、 肉芽腫病變等。沙門氏菌在兩爬類造成的腸道疾病並不明確，但沙門氏菌似乎不能侵入健康個體的腸道障壁。在蜥蜴及蛇的沙門氏菌感染性 皮膚炎可見滲出液、痂皮及 水泡等臨床症狀。在烏龜的臨床症狀可能包括 消瘦，腹甲的麟甲 增生剝落， 甲殼退色等。
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嘔吐和逆流
病因：引起消化道不適的任何原因都有可能引起。
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鱷魚的西尼羅河病毒感染
病因：西尼羅河 病毒感染。
症狀：繞圈游泳,歪頭, 肌肉震顫,耗弱,厭食。
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蛇的呼吸道疾病
鼻分泌物/鼻炎、張口呼吸、 濕式或不 正常的呼吸音、聲門周圍或近端氣管內的分泌物。務必與 食道分泌物( 胃炎/腸炎)或口炎的分泌物區分清楚，有時可能同時發生。蛇會分泌 厚且高黏性的黏液，在其飼育的 空間中可發現一團團的黏液塊。蛇不大會咳嗽且氣管相當長，因此當有黏液卡住時是相當嚴重的，可能需要氣管灌洗。另外也會有 鼻孔阻塞及突然死亡情形。
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蛇的神經系統疾病
病毒性
包涵體病(Inclusion body disease(IBD)，C型反轉錄 病毒(C-type retrovirus)所造成)
里奧 病毒(Reovirus)
副黏液 病毒(Paramyxovirus)
Lentivirus
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蜥蜴的呼吸系統疾病
病因：
病毒性
蛇副黏液 病毒(Ophidian paramyxovirus, OPMV)
細菌性
分枝桿菌(mycobacteria)
細菌性肺炎(尤其在水龍常見)
黴菌性
黴菌性肺炎
黴菌性胸膜炎
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蜥蜴的胃腸道疾病
病因：
病毒性
里奧 病毒(Reovirus)
腺 病毒(Adenovirus)，在肥尾 守宮"> 守宮有報告
細菌性
沙門氏桿菌
大腸桿菌
其他菌種
黴菌性
黴菌性腸炎(尤其在 變色龍常見)
酵母菌(yeast)感染，有些病例可能和長期投與抗生素有關
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甲魚沙門氏桿菌
沙門氏菌是自由放養和圈養 爬蟲類正常胃腸道菌叢的一個成份 (Hinshaw and McNeil, 1947; Jackson and]ackson, 1971; Kaura and Singh, 1968; McInnes, 1971; MacNeil and Dorward, 1986; Onderka and Finlayson, 1985) 。
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