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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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亞硝酸中毒
亞硝酸通常伴隨著 硝酸及氨氮存在於水的表面，不過他們的濃度一般都很低，因為他們極不穩定，很容易氧化還原，最後分解為有機氮化合物，所以在水面及土壤中幾乎没有 亞硝酸，會造成污染，大多由於農場使用含氮的肥料或糞肥，沖刷到水體所致。（Svobodová, 1991）
另外在 淡水養殖場，亞硝酸中毒很容易發生在新建立的養殖系統，稱為新池症候群（New Tank Symdrome），因為新的養殖池中硝化細菌（Nitrobacter）尚未建立，養殖密度過高或過飼
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硫化氫中毒
硫化氫為具臭味的強毒性氣體，在自然的情況下，底泥的有機物質或被有機污染的水體中之蛋白質，經過厭氧性細菌分解產生硫化氫（H 2S），硫化氫在水中會解離成HS-及S 2-，其毒性依序為H 2S> HS ->S 2-，當水中的 PH值增加時，硫化氫的毒性會降低，因為未解離的強毒性的H2S變成毒性較低的HS-離子，在PH9時幾乎99%之硫化物以HS -的形式存在，PH7時HS -與H 2S以1：1的比例存在，但在PH5則幾乎99%為H 2S。（謝介士，1994）
硫化氫對魚類有很強的毒性，不同的魚種，其致死濃度範圍從0.4 mg/L（鮭鱒類）到4mg/L（歐洲 鯽魚、丁鱖及鰻魚）不等（Svobodová, 1991）。已有許多文獻報告，研究硫化氫對不同魚種的毒性作用。當藍鰓太陽魚曝露在0.04 mg/L 的H 2S下，其游泳的耐受力降低；即使H 2S的濃度在非常低的情況下，亦會傷害魚卵
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鯉魚春季毒血症
病原型別：病毒
病原環境：淡水
學名：Spring viremia of carp virus
病名(及俗名)：SVC, Rhabdovirus carpio
最早發現者：Fijan et al. (1971)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)。
病原摘要：
本病毒暫時分類於棒狀病毒科(Rhabdoviridae)，疱病毒屬(Vesiculovirus)。由單鏈、負股核醣核酸組成。基因組包含11019個核苷酸，可轉譯出5個結構蛋白質：核蛋白（nucleoprotein, N）、磷蛋白（phosphoprotein, P）、基質蛋白（matrix protein, M）、醣蛋白（glycoprotein, G）及核醣核酸相關聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase, L）。 五個結構蛋白質在基因組上排列順序為3’-N-P-M-G-L- 5’。
P及N蛋白與病毒的基因組相接合，與病毒的轉錄及複製有關
G蛋白在病毒表面形成三聚體包膜突起，與細胞上的接受體結合可引起胞吞作用。G蛋白同時具有可引起魚類中和抗體的抗原決定位 。L蛋白為核醣核酸聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase) ，與複製有關 。
魚類棒狀病毒（piscine rhabdovirus）分為四個基因型。第一基因型（SVCV）、第二基因型（grass carp rhabdovirus）、第三基因型（pike fry rhabdovirus） 及第四基因型（tench rhabdovirus）。 第一基因型 (SVCV) 又細分為四個基因亞型：Ia基因型病毒(亞洲)、Ib及Ic基因型病毒(摩爾達維亞Moldova，烏克蘭及蘇俄)，Id基因型病毒(英國，前蘇聯) 。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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兩棲類壺菌感染症
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學名： Batrachochytrium dendrobatidis
病名(及俗名)：Infection with Batrachochytrium dendrobatidis. Chytridiomycosis or cutaneous chytridiomycosis. Amphibian chytrid fungus, frog chytrid fungus, frog chytrid.
最早發現者：Longcore et al. (1999)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
該 黴菌菌體外觀為球狀且表面 粗糙之游動孢子囊 (直徑為5-40 μm)並具有1個或數個排出管而排出管開口朝向 皮膚表面，排出具有感染力的孢子。游動孢子囊於生長期會行成”根狀樣”結構(假根)。游動孢子外觀亦為球形且表面 粗糙(直徑為3-5 μm)，其前端具一鞭毛，於 淡水中具運動性。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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河鯰病毒病
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水
學 名： Ictalurid herpesvirus 1
病名(及俗名)：Channel catfish virus disease
最早發現者：發現於1968年 病毒確認於1971年
OIE狀況：未表列(Not Listed)
河鯰 病毒病為一病程迅速且具高度傳染性的 病毒性疾病，發生於養殖的幼年河鯰。
本病非人畜共通傳染病
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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毒藻；紅潮
水中有毒藻類過度繁殖造成其他的水中生物危害，一般稱為「紅潮」係泛指由單細胞浮游藻類過度生長引起一種水生現象，是一個通常用辭，可發生在全球各個國家地區的海洋、近海沿岸、海灣、 淡水及湖泊，其造成因素之一與人類活動，氮磷營養原之升高的污染有關，故河川滙入處之河口湖岸等也皆可發生，地球氣候變化水溫升高之聖嬰現象也會影響。科學家較喜歡用的名詞是藻華Algal bloom。
藻華形成時顏色並不都是紅色，依藻相和生長的密度，顏色從無大變化到綠色
、棕色，也可能粉紅色到紫色，有時呈暗濁。魚場之魚群不特定的會報告死亡疫情，藻類生長密度甚高時，對岸邊活動人類也會經由空氣吹散而致身體不適，游泳是安全的但可能會有 皮膚、黏膜的刺激。對水生動物之危害報告較一般性，1994在南非發生的赤潮導致數仟噸所有魚種及甲殼類的死亡，1987有研究學者報告座頭鯨等海洋哺乳動物因赤潮而大量死亡，日本瀨戶內海也曾有相似的漁業災情。因此研究人員較常用稱「Harmful algal bloom, HAB.」。
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病毒性神經壞死病
描述
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：病毒性神經壞死病(viral Nervous Necrosis；VNN)，病毒性腦病及視網膜病(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)
最早發現者：Bellance及Gellet de Saint Aurin(1988)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
無封套，直徑約20nm-35nm，呈二十面體結構，內含有兩條正向單股RNA分子，分子量分別為Mr1.17和0.48。於酸性環境中穩定，而60℃下1小時即失去活性。(莊蕙菁，2005)
人畜共通：No
病原分類
2.病原分類
Nodaviridae科， betanodavirus屬，海水魚神經壞死病毒分離株比對外鞘蛋白質基因序列 ( T4 )，可分成 ( SJ ) NNV、( TP ) NNV、( BF ) NNV、( RG ) NNV四種基因型，用交叉中和反應檢測四種NNV基因型之間的血清類源關係，分成三種血清型：SJNNV為一型，TPNNV為一型，BFNNV和RGNNV 則歸在一型，然而BFNNV的宿主皆為冷水魚，而RGNNV的宿主皆為溫水魚。台灣目前所有的分離株皆屬於RGNNV基因型。(中華民國水產種苗協會，2006)
別名：
命名沿革：1992年日本條紋鰺中發現類VNN病例，命名為條紋鰺神經壞死病毒(striped jack nervous necrosis virus,SJNNV)，魚類因病毒感染不同魚種而有不同的疾病名稱，如歐洲養殖鮃魚的腦炎(encephalo-myelitis)、法國海鱸和挪威大西洋比目魚的病毒性腦病及視網膜病變(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)及法國海鱸的魚類腦炎(fish encephalotis)。
疾病特性
感染路徑：本病除可藉由種魚垂直感染及病魚水平傳染外，亦可藉由食入帶原病毒之生物餌料及養殖池所使用的網具和桶子而相互感染。(Skliris GP，1998)
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頭洞症
1.病原型別：原虫（protozoa）
病原環境： 海水、 淡水（marine、freshwater）
學名： Hexamita spp.（旋核六鞭毛虫； Spironucleus vortens, Paull & Matthews,2001）
病名（及俗名）：旋核六鞭毛症（Spironuclosis）或六鞭毛虫症（Hexamitosis）、頭洞症（Hole in the Head, HITH）
最早發現者： Spironucleus vortens（Amlacher 1970, Molanr 1974, Paull & Matthews, 2001, R）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
本病原可感染 淡水及 海水熱帶觀賞 魚類，本虫體基本形態與六鞭毛虫類似，其滋養體（trophozoite）外形呈延長虫體而體後端形成緊貼狀，具有2個香腸型之旋核，位於虫體鄰近頂部而在虫體前端部位形成為馬靴形複合物，虫體最前端部有一馬靴形上核纖維輪廓，二個相對狹窄外形之胞口，從胞口處之尾部 突出長鞭毛。在電子顯微鏡下，與六鞭毛虫主要區別為延長的虫體上具有明顯側複合物脊（lateral compound ridge）及 週邊脊（peripheral ridge）、虫體後部區於 週邊脊處具有精心渦捲（elaborate swirls）及每一鞭毛末端基部含有乳突狀構造（papilla），且第一鞭毛平展最末端含有一小球莖（small bulb）（R）。
人畜共通：No
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傳染性鮭類貧血
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境：ISA 主要感染 海水養殖 魚類或曾與 海水接觸過之魚種，但Nylund 1998.研究結果指出，養殖於 淡水之魚種仍會被本 病毒感染。
學名：
病名(及俗名)：
最早發現者：報告於1984年在挪威 (Norway) 海水養殖之大西洋鮭魚(Atlantic salmon; Salmo salar L)感染本病(ISA)Thorud & Djupvik 1988。
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：ISAV不具被膜其顆粒大小約100-130nm。具有8段單股之RNA 病毒，ISAV 對UV相當敏感。(OIE 2006)，於pH 5以下不活化， 病毒可於 海水中存活超過20小時以上，於血液及腎組織中，6℃下存活4天 (Roberts 2003)。
人畜共通：無
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傳染性胰壞死症
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 海水、 淡水、半淡鹹水 (Brackish Water, Marine 、freshwater)
學名：
病名(及俗名)：acute catarrhal enteritis
最早發現者：Wolf, snieszko et al 1960
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要： 病毒顆粒為二十面體，其大小約60nm(fig1)，具有兩段雙股RNA (bi-segmented double –stranded RNA)，由分離之 病毒之中和試驗 (neutralization tests)顯示，可區分成兩組無交叉反應之serogroups。主要之 病毒 strains 是屬於serogroup A，serogroup A 中最少可區分到9個serotypes，且毒力有明顯之差異。
病毒其有2條nucleotides，其較小為2,784bp 其encodes 為VP1，此與 病毒之RNA-dependent RNA polymerase 有關 (Dobos 1995)，
另一條其大小為3,097bp其 具有2個 overlapping open reading frames. 其一較短為一約17-kDa arginine-ric 之非結構性蛋白(VP5)，另一較長為一約 106-kDa 蛋白，其順序為NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH，其中VP2及VP3 皆為結構性蛋白(Villanueva 2004)。
人畜共通：無(No)
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氣泡病
病原概述
病原型別：非病原感染引起。
環境： 淡水、 海水環境皆會發生。
最早發現者：首由Gorham(1898)年提出(Roberts 2001)
ＯＩＥ狀況：未表列
摘要：氣泡病就是池水中含氮量、溶氧量或其它氣體過飽而引起 魚類氣體栓塞(gas embolism)的疾病。
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微孢子蟲感染
病原型別：原蟲
病原環境： 海水 淡水
學名：目前發現感染 魚類之微孢子蟲之種類相當繁多如本省發生於鰻魚凹凸病之 Heterosporis anguillarum (之前命名為 Pleistophora anguillarum)、 發生於 香魚(ayu)的 Glugea plecoglossi、發生於Salmonids 之 Loma salmonae 或發生於yellowtail 的 Microsporidium seriolae 等
病名(及俗名)：鰻魚凹凸病 (洪 1984)、beko disease (Egusa 1982)等。
最早發現者：Matsubayashi et al 1959 最早報告人感染微孢子蟲病例
ＯＩＥ狀況：非表列
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藥物中毒
藥物使用不當不但造成魚隻藥物中毒且常引起藥物殘留問題，如92年中發生輸銷歐盟 吳郭魚被檢出藥物殘留(硝基夫喃代謝物)遭退運事件，輸日之活鰻含有磺胺劑、恩諾沙星(Enrofloxacin）及鰻、石斑魚含孔雀石綠（Malachite green）等事件，其相同結果為魚價應聲下跌。因此政府亦於中華民國96年8月29日於農防字第0961473107號中修正動物用藥品使用準則，水產動物用藥品使用規範。其內規定使用對象、用途、用法、用量、停藥期及使用上應注意事項。藥物使用並非絕對安全，於高劑量使用下常引發魚群之大量死亡，因此對於藥物毒性更應認知。
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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殼破損
病因： 外傷是造成殼破損的主因，有摔傷、踩踏傷害、汽機車或除草機的碰撞及狗的啃 咬傷等。
症狀：外觀上，殼明顯有破損或缺失的情形，偶有 出血的現象；嚴重者，可見內臟器官的暴露。
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兩爬類的尾部傷害
病因: 造成尾部 缺損的原因包括先天性缺陷，物理性創傷，感染性疾病，代謝性疾病及自割行為。
症狀: 兩爬類的尾巴有社交信號，平衡，游泳等功能，尾部 缺損可能影響身體部分 正常動作的執行甚至尾部 癱瘓。
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