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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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硫化氫中毒
硫化氫為具臭味的強毒性氣體，在自然的情況下，底泥的有機物質或被有機污染的水體中之蛋白質，經過厭氧性細菌分解產生硫化氫（H 2S），硫化氫在水中會解離成HS-及S 2-，其毒性依序為H 2S> HS ->S 2-，當水中的 PH值增加時，硫化氫的毒性會降低，因為未解離的強毒性的H2S變成毒性較低的HS-離子，在PH9時幾乎99%之硫化物以HS -的形式存在，PH7時HS -與H 2S以1：1的比例存在，但在PH5則幾乎99%為H 2S。（謝介士，1994）
硫化氫對魚類有很強的毒性，不同的魚種，其致死濃度範圍從0.4 mg/L（鮭鱒類）到4mg/L（歐洲 鯽魚、丁鱖及鰻魚）不等（Svobodová, 1991）。已有許多文獻報告，研究硫化氫對不同魚種的毒性作用。當藍鰓太陽魚曝露在0.04 mg/L 的H 2S下，其游泳的耐受力降低；即使H 2S的濃度在非常低的情況下，亦會傷害魚卵
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二氧化碳中毒
水中二氧化碳的來源包括：於大氣自行擴散入水中、地下水的湧溶、有機物分解及微生物呼吸所排出的廢氣；而有機物的分解，可能是大多數池塘獲得CO 2的主要來源。而CO 2的散逸，在於植物行光合作用，產生碳酸鹽沉積，或再擴散進入大氣中及加入其他化學反應。（黃旭田，1994）
二氧化碳比氧氣更容易溶於水，它是以分子的狀態溶在水裏，只有10 %會形成碳酸H2CO3，這兩種形式稱為游離的CO 2（free CO 2），另外以離子形態存在的稱為固定的CO 2（fixed CO 2），即碳酸氫根離子及碳酸根離子（HCO3- and CO32-），他們是水之中和能力很重要的因子。CO 2在流水表面的量很少超過20-30 mg/L，但在靜止不動的水面，CO 2的量會形成分層，因為浮游生物行光合作用的吸收，使上層游離的CO 2比下層少，表層的CO 2全部被光合作用消秏掉，如此一來水中的 PH值會增加到8.3以上，通常地面下層的水每公升含有數十毫克游離CO 2。
CO 2對魚的作用不是直接的就是間接的，間接的作用是影響水的 PH值，而當游離的CO 2過多或缺乏時，直接有害的影響就發生了
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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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指環蟲症
病因: Gyrodactylus spp. 及 Dactylogyrus spp. 兩者最為常見。
症狀: 活動亢進，泳態怪異，常會跳起水面或摩擦身體。魚體褪色，呼吸加快， 鰓蓋擴張，露出 腫脹、蒼白的鰓部。 皮膚會有散佈的 出血及 潰瘍灶。死亡率高。
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魚蝨感染症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水、title="海水">海水
學名：Argulus foliaceus ; Argulus japonicus ; Argulus coregoni
病名(及俗名)：魚蝨感染症
最早發現者：
Argulus japonicus Thiele, 1900
Argulus foliaceus (Linnaeus), 1758
Argulus coregoni Thorell, 1865
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
魚蝨曾在17世紀時歐洲養殖的鱒魚及中國的 鯉魚發生過(Wilson,1902; Kabata,1985)。魚蝨在湖、河口及 海水鮭魚箱網都曾發生過且會造成死亡。在 鯉魚及金魚感染此病症後易繼發 黴菌及 細菌二次性感染，造成經濟上的損失(Shimura,1982a)。另外在1985年Ahne報告魚蝨亦為傳染SVC的媒介。Branchiurans亞綱裡，其蟲體型態為卵圓型，外層為 甲殼覆蓋。有一對 突出複眼，口器及觸角特化成勾型，有多刺的突起的吸盤，其構造是為了適應 寄生蟲生活。為了配偶及產卵，他們會離開宿主長達三個星期，然後在次附著魚的 鰓蓋內側，靠著黏液為生，然後蛻皮，或者是靠穿透 皮膚吸收內在養份為生。
人畜共通：非人畜共通
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心形蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Chilodonella hexasticha
病名(及俗名)：Chilodonellosis, Chilodonelliasis, Warmwater Chilodonelliasis
最早發現者：(Kiernik, 1909) Kahl, 1931
ＯＩＥ狀況：非表列(Not listed)
病原摘要：
蟲體呈扁平狀，後緣具缺痕，背側成圓凸狀，腹側則為平坦狀，腹側的纖毛呈兩群，右側的纖毛群成拱狀且較左側長，由5-7個動基體(kineties)所構成，而左側的纖毛由7-9個動基體組成且較筆直。 具可伸縮口器，其構造明顯且位於腹側，具有ㄧ個大核位於背側接近蟲體的末端，小核成卵圓狀位於大核旁，具有許多消化食泡及2~3個伸縮液泡，其大小約為長33.6-47.6 um (平均40.3 u)寬23.0-44.2 um(平均33.0 um)具大型的核約7.8-13.3 um x 7.8-12.3 um，許多文獻提到其大小變化甚巨
人畜共通：非人畜共通傳染病
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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錨蟲感染症
1.病原概述
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名：主要感染品種為 Lernaea cyprinacea
病名(及俗名)：錨蟲(anchor worms)，又稱箭蟲或針蟲
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：錨蟲為撓腳類之 寄生蟲可感染多種 淡水魚種，蟲體須經過metamorphosis 之後才會成蟲
人畜共通：No
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考克斯體
病原概述
病原型別：立克次體
病原環境： 淡水
學名： Coxiella cheraxi
病名(及俗名)： 螯蝦考克斯體感染症Crayfish systemic rickettsiosis
最早發現者：Schaperclaus (1930)
ＯＩＥ狀況：未表列病原摘要：
為立克次體(Rickettsiae)，革蘭氏陰性菌，絕對細胞內寄生(Weiss & Moulder ，1984)。非人畜共通傳染病。
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酸中毒
本病為環境性的疾病，多發於水質不良時，當水中pH值小於6時產生本病。在未污染的水域，水質酸化主要由於來至底土、森林、沼澤及溼地釋放的碳酸及有機酸。酸雨或於水沖刷的酸性土壤也會造成中毒。
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橈腳類感染症
病原型別：節肢動物， 甲殼類之橈腳 寄生蟲（Copepods）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）在台灣至少有四種以上病原
學名：(1) 淡水魚虱（freshwater fish lice, Argulus spp.）
(2) 海水魚虱（sea lice, Caligus spp.）
(3)錨頭蟲（針蟲）（Anchorpin worrn, Lernea spp.）
(4) 鰓魚蛆蟲（gill maggots, Ergasilus spp.）
病名（及俗名）：(1) 淡水魚虱症（freshwater fish lice disease, Argulosis）
(2) 海水魚虱症（sea lice disease; Caligosis）
(3)錨蟲症（Anchor worm disease, Lernaeosis）
(4) 鰓魚蛆症、鰠感染症（Gill maggots disease; Ergasilosis）
最早發現者：(1)O.F. Muller, 1785
(2)O.F. Muller, 1785
(3)C. Linnaeus, 1758
(4)Von Nordmann, 1832
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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