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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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梨形四膜蟲症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Tetrahymena corlissi、Tet. pyriformis、Tet. faurei、Tet. rostrata
病名(及俗名)：Tetrahymena infection、TET disease、Guppy disease
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
橢圓梨形小纖毛蟲(30-60 x 50-100 μm)，放射狀、對稱的體形，表面佈滿20-30排的纖毛縱列(Kinety)。 口腔內具有特殊的纖毛口器(oral ciliary apparatus)， 口腔右側具有側口膜(paraoral membrane)，三個連續排列的膜則位於左側。 口腔的底部為進食開口處(cytostome)。 口腔的後緣有一至三排纖毛縱列。繁殖採用二分裂法；但有些會產生生殖囊泡，內含二至八個幼蟲(tomite)。大部分對魚而言是機緣性寄生；少部分則為絕對寄生，引起魚類致死的寄生蟲。
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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迴旋病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名：Whirling disease
病名(及俗名)：
最早發現者：Hofer (1903)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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蛇副黏液病毒
病因：Ophidian paramyxovirus (OPMV)
family paramyxoviridae.
症狀：副黏液 病毒感染沒有病源特有的臨床症狀，此疾病主要影響呼吸系統，但出現的症狀變化相當大，因此在臨床上診斷相當困難。
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兩爬類的尾部傷害
病因: 造成尾部 缺損的原因包括先天性缺陷，物理性創傷，感染性疾病，代謝性疾病及自割行為。
症狀: 兩爬類的尾巴有社交信號，平衡，游泳等功能，尾部 缺損可能影響身體部分 正常動作的執行甚至尾部 癱瘓。
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蜥蜴的骨骼肌肉系統疾病
病因：
細菌性
敗血性關節炎
骨髓炎
蜂窩性組織炎
肌肉炎
黴菌性
寄生蟲性
嚴重 寄生蟲感染，特別是 血液寄生蟲( 貧血)或是 胃腸道 寄生蟲(原蟲類或是蠕蟲類)
營養性
代謝性骨病(MBD)
營養性繼發性副 甲狀腺亢進(飲食中鈣質缺乏、飲食中鈣磷比不均衡、維生素D3不足[缺乏紫外線照射或飲食中維生素D3攝取不足])
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