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黴菌中毒
黴菌中毒病是因為使用被 黴菌毒素或黴菌之有毒代謝產物污染的飼料，餵飼動物所造成的疾病。黴菌生長在死亡的植物基質上，黴菌中毒是由腐生生物群的黴菌：包括 Aspergillus屬、 Fusarium屬及其他屬的許多種別的黴菌所引起。（Svobodová & Ruprich, 1991） 黴菌毒素是黴菌二次性的代謝產物，可導致人類及動物發生疾病及死亡，由他們對藥理學上的活性，部分 黴菌毒素及黴菌毒素衍生物已經被發現且用在抗生素、生長促進劑及其他種類的藥物上，還有一些 黴菌毒素則應用在戰争的化學武器上，當飲食、吸呼、皮膚及其他曝露在有毒的黴菌代謝產物所發生的疾病，稱為黴菌中毒病（mycotoxicoses）。
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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兩棲類壺菌感染症
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學名： Batrachochytrium dendrobatidis
病名(及俗名)：Infection with Batrachochytrium dendrobatidis. Chytridiomycosis or cutaneous chytridiomycosis. Amphibian chytrid fungus, frog chytrid fungus, frog chytrid.
最早發現者：Longcore et al. (1999)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
該 黴菌菌體外觀為球狀且表面 粗糙之游動孢子囊 (直徑為5-40 μm)並具有1個或數個排出管而排出管開口朝向 皮膚表面，排出具有感染力的孢子。游動孢子囊於生長期會行成”根狀樣”結構(假根)。游動孢子外觀亦為球形且表面 粗糙(直徑為3-5 μm)，其前端具一鞭毛，於 淡水中具運動性。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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鉤頭蟲感染症
1.病原概述
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水、 海水及土壤中營自由生活的種類外，寄生在多種宿主體內，包括無 脊椎動物、 魚類、 兩棲類、鳥類及哺乳類等。
學名： Acanthocephala
病名(及俗名)： Acanthocephala infection
最早發現者：Francesco Redi (1684).
ＯＩＥ狀況：非ＯＩＥ表列
病原摘要：此 寄生蟲為鉤頭動物門，棘頭蟲綱，鉤頭蟲門，有長滿棘及突起的頭，極具有可外翻的吻部，可穿刺及固著在宿主的腸壁。其身長的範圍為100mm到650mm。鉤頭蟲的身體通常呈圓筒形或紡錘形，少數呈卵 圓形，兩側對稱，不分節。有些種類體表有皺褶。身體分為吻部、頸部和軀體部。吻部位於身體前端，能伸縮，是這類蠕蟲特有的構造。吻部上有吻鉤，其排列方式和數目，是分類上的重要特徵之一頸是從最後一圈吻鉤基部起至 軀幹開始處為止，通常很短，無刺。 軀幹較粗大，體表光滑或具體刺。體表是由角質層、真皮層和 肌肉層組成。體壁中間為假 體腔，所有內部器官都在假 體腔內\鉤頭蟲沒有消化道，藉體表的滲透作用吸收寄主的 營養。多數種類缺乏排泄器官，只有少數種類在生殖器官附近有作為排泄器官的原腎。鉤頭蟲是雌雄異體，通常雌蟲大於雄蟲。雄性生殖系統由精巢、輸精管、粘液腺、生殖鞘和交配器官組成。雌性生殖系統由卵巢、子宮鐘、輸卵管、子宮和陰道組成。卵受精後開始分裂時是螺旋形，以後變為不規則形，最後形成外包三層卵膜，內含一胚胎幼蟲的成熟卵。胚胎幼蟲有無棘、半棘和全棘等三種類型棘頭蟲的發育週期，要通過中間寄主來完成。它的中間寄主通常是 軟體動物、 淡水蝦類或昆蟲之幼蟲。成熟的卵隨終寄主糞便排出，被中間寄主吞食後，卵中的胚胎幼蟲出來，繼續發育，經過棘頭吻、前棘頭體和棘頭體三個階段。感染了棘頭蟲的中間寄主，被終寄主吞食，又重新開始它的生活史。
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梭黴菌毒素中毒
1. Fusarium屬黴菌產生之毒素所造成之中毒，稱為 梭黴菌毒素中毒，梭黴菌的毒性代謝產物受其所寄生的物質之成分及所在環境的狀況影響。其對飼料的污染，經常是在飼料穀物生長的季節侵襲作物，也在飼料貯存及製成粒狀的過程寄生，當梭黴菌寄生在這些物質時，製造 梭黴菌毒素，主要為T-2毒素（12,13-epoxytrichothecen）。 鯉魚是對此毒素最敏感的魚種，其曝露72小時的致死劑量為每公斤體重0.46mg，虹鱒為6.1mg/kg。
2.症狀： 鯉魚口服T-2毒素致死劑量，表現出沈鬱、對刺激缺乏反應、呼吸加速、 體色變黑、 停止攝食，排泄出未消化的食物，後來被長條狀的白色粘液取代，魚隻 貼近水面喘氣，隨後運動失調、動作不協調，最後停止移動及死亡。
3.解剖病變： 體色變黑及鰓 水腫及大理石樣，體腔內的 血管嚴重地 充血， 實質器官的顏色及大小改變，消化道的粘膜 發炎，可見 點狀出血。若長期持續性地施予次致死濃度的T-2毒素加其他 梭黴菌毒素，會造成 鯉魚沈鬱、排泄出半消化的食物、 減少攝食，增重大幅度降低。（Svobodová & Ruprich, 1991）
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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蛙壺菌
病因：蛙壺菌Chytrid fungus ( Batrachochytrium dendrobatidis)
感染
症狀：耗弱、厭食、 腹部膨大、體色暗沈、姿勢及反射 異常及 神經症狀等非特異性症狀以及 腹部及後肢內側 皮膚呈現局部區域 潮紅、有時表面有 白色黏液包覆。
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甲魚分枝桿菌
分枝桿菌症於爬行動物和兩棲動物是一古老的傳染病，通常分枝桿菌會造成 肉芽腫嚴重反應，但偶爾可由非 肉芽腫病變部位分離出 Mycobacterium spp.。
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甲魚沙門氏桿菌
沙門氏菌是自由放養和圈養 爬蟲類正常胃腸道菌叢的一個成份 (Hinshaw and McNeil, 1947; Jackson and]ackson, 1971; Kaura and Singh, 1968; McInnes, 1971; MacNeil and Dorward, 1986; Onderka and Finlayson, 1985) 。
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甲魚阿米巴原蟲感染症
阿米巴為重要的疾病病原，目前並未歸類在各門或各類中(Lee et al., 2000)。阿米巴具有偽足(i.e.,假腳)。阿米巴感染症為重要的臨床疾病，並感染在圈養的龜類和蛇類，而有幾種阿米巴會感染在 爬蟲類(Barnard and Upton, 1994)。顯然此原蟲可與爬蟲共生， 其他像是 Entamoeba invaden是重要的病原體。
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