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水黴菌感染症
病原型別：黴菌
病原環境：淡水及淡鹹水
學名： Achlya屬 及 Saprolegnia屬
病名(及俗名)：Typical water mold infection，Saprolegniosis，Oomycete infection
最早發現者：最早由Tiffeney (1939) 發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
水黴菌是目前淡水及淡鹹水魚最常見的黴菌病原。主要病原來自卵菌綱(Class Oomycetes)、水黴菌目 ( Saprolegniales)、水黴菌科( Saprolegniaceae)下的綿黴菌屬( Achlya)及水黴菌屬( Saprolegnia)兩屬。水黴主要是一種利用腐敗有機質為食物的機緣性腐生病原。最常分離到的水黴菌為： Saprolegnia parasitica及 S. diclina。
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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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殼病
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：Chitinolytic bacterial disease, Epizootic shell disease.
最早發現者：Malloy等(1978) 在 龍蝦發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
基丁質溶解革蘭氏陰性細菌及偽單孢菌( Pseudomonas), 弧菌( Vibrio) 及產黃桿菌科 ( Flavobacteriaceae)的細菌均被分離過。
人畜共通：否
2.病原分類
Pseudomonadaceae, Vibrionaceae, Flavobacteriaceae科， Cytophaga-，
Flavobacter 及 Alpha proteobacteria groups；Oceanobacillus，Staphylococcus屬.。
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隱鞭毛蟲症
病因： Cryptobia spp.
症狀：眼球 突出、 脾臟腫大、 全身性水腫、 腹部膨大、 腹水、厭食、
游泳能力降低、小球性低色性貧血、免疫力低下、庫姆氏 (Coomb’s) 試驗陽性。
魚種：所有品種的太平洋鮭魚 (Pacific salmon, Oncorhynchus spp.) 及溪鮭 (brook charr, Salvelinus fontinalis)
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流行性造血組織壞死症
病因：Epizootic haematopoietic necrosis virus (EHNV)、European sheatfish virus (ESV)或European catfish virus (ECV)。 症狀：體色變暗、無活力、共濟失調、 魚種：紅鰭 鱸魚 (redfin perch, Perca fluviatilis)、虹鱒 (rainbow trout, Oncorhynchus mykiss)、 鯰魚 (Silurus glanis, Ictalurus melas)、澳洲麥氏鱸 (Macquarie perch , Macquaria australasica)、食蚊魚 (mosquito fish, Gambusia affinis)、 澳洲銀鱸 (silver perch, Bidyanus bidyanus)、山南乳魚 (mountain galaxias, Galaxias olidus)。
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細菌性鰓病
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水
學名： Flavobacterium branchiophilum
病名(及俗名)：Bacterial gill disease (BGD)
最早發現者：Davis (1926)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌，型態彎曲，長度1μm ~5μm，菌落通常呈橘 黃色，其生化特性oxidase試驗為陰性, phosphatase試驗為陰性而ribonuclease試驗則為陽性。
人畜共通：非人畜共通
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卵圓鞭毛蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 半鹹水、 海水
學名： Amyloodinium ocellatum
病名(及俗名)：卵圓鞭毛蟲感染症(Amyloodiniasis)、絲絨病(Velvet disease)、銹病(Rust disease)、金粉症(Gold rust disease)
最早發現者：Brown, (1931)
ＯＩＥ狀況：非表列(Not Listed)
病原摘要：
卵圓鞭毛蟲 營養體以碟狀構造吸附於宿主，此碟狀構造具有一非常短的柄，且於吸盤的周圍有一圈 絲狀的假根可深入宿主的上皮細胞，ㄧ觸手狀的構造自細胞基底部延伸出，其功能尚未明瞭，細胞質缺乏葉綠粒但具有消化食泡及澱粉顆粒和多種特殊胞器， 營養體呈梨狀或卵圓狀，體長約150~350 um。
人畜共通：非人畜共通
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心形蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Chilodonella hexasticha
病名(及俗名)：Chilodonellosis, Chilodonelliasis, Warmwater Chilodonelliasis
最早發現者：(Kiernik, 1909) Kahl, 1931
ＯＩＥ狀況：非表列(Not listed)
病原摘要：
蟲體呈扁平狀，後緣具缺痕，背側成圓凸狀，腹側則為平坦狀，腹側的纖毛呈兩群，右側的纖毛群成拱狀且較左側長，由5-7個動基體(kineties)所構成，而左側的纖毛由7-9個動基體組成且較筆直。 具可伸縮口器，其構造明顯且位於腹側，具有ㄧ個大核位於背側接近蟲體的末端，小核成卵圓狀位於大核旁，具有許多消化食泡及2~3個伸縮液泡，其大小約為長33.6-47.6 um (平均40.3 u)寬23.0-44.2 um(平均33.0 um)具大型的核約7.8-13.3 um x 7.8-12.3 um，許多文獻提到其大小變化甚巨
人畜共通：非人畜共通傳染病
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白鱘虹彩病毒症
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水
學名： White sturgeon iridovirus
病名(及俗名)：白鱘虹彩病毒症
最早發現者：Smail and Munro(1989)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
虹彩病毒的感染，依照國際病毒分類委員會 (International Committee on Taxonomy of Virus, ICTV) 在2004年的分類下，可分成5個屬，分別是：1. 虹彩病毒屬 ( Iridovirus)：主要感染無脊椎之昆蟲，代表株為Chilo iridescent virus。2. 綠虹彩病毒屬 ( Chloriridovirus)：主要寄主為蚊蟲類，代表株為Mosquito iridescent virus。3. 蛙病毒屬 ( Ranavirus)：主要寄主為兩棲類，代表株為frog virus 3。4. 淋巴囊腫病毒屬 ( Lymphocystisvirus)：主要感染魚類，造成淋巴囊腫及皮膚結節，代表株為Lymphocystic disease virus flounder isolate。5. Megalocytivirus：主要感染魚類，代表株為 Infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV)；Grouper iridovirus of Taiwan (TGIV)；Red seabream iridovirus (RSIV)。WSIV暫時性的被分類於 Megalocytivirus中，缺乏更充分的證據進行更精確的分類。
本病毒呈對稱正二十面體，直徑262-290nm，內殼直徑為184nm，內外殼都具有封套，內含線型雙股DNA(linear dsDNA)，病毒顆粒於細胞質內合成，基因大小為170-200kb。病毒只能於10-20℃下, 白鱘細胞株中生長。
WSIVD與淋巴囊腫病(LDV)皆為局限性組織疾病，但仍有不同特性，故須作區分。
人畜共通：No
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魚波豆蟲症（口絲蟲症）
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish ＆ freshwater）
學名： Ichthyobodo necator= Costia necatrix
病名（及俗名）：魚波豆蟲症（Ichthyobodosis）、口絲蟲症（costiosis）、
昏睡病（sleeping disease）
最早發現者：Henneguy LF（1883）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
蟲體大小為5.5-11.5×3.1-8.6µm，當離開宿主的個體正面呈卵形，在一邊有一條鞭毛溝。溝的前端有1個由2個基粒組成的生毛體，由此向後生出2條鞭毛。蟲體中部有一個 圓形胞核，核中央有顯著的核內體。蟲體側面觀略似湯匙樣形態，寄生於宿主表皮細胞上的蟲體，略似棃形，前端略細呈吸盤狀，並生出指狀突起插入宿主上皮細胞，此時則不易見到鞭毛。
人畜共通：No
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柱狀病
1.病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 海水
學 名： Flexibacter columnaris
病名(及俗名)：爛鰓病
最早發現者：Davis (1922)
ＯＩＥ狀況： 未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌，無鞭毛但具運動能行滑走運動，菌體大小約0.3~0.5x3.5~12μm於半固體性培養基(Cytophaga media)上培養可產生 黃色或淡黃色且邊緣 不規則樹枝樣菌落。
人畜共通：否
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阿米巴原蟲感染症
病原型別： 寄生蟲
病原環境：淡、 海水
學名：Amoebosis
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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藥物中毒
藥物使用不當不但造成魚隻藥物中毒且常引起藥物殘留問題，如92年中發生輸銷歐盟 吳郭魚被檢出藥物殘留(硝基夫喃代謝物)遭退運事件，輸日之活鰻含有磺胺劑、恩諾沙星(Enrofloxacin）及鰻、石斑魚含孔雀石綠（Malachite green）等事件，其相同結果為魚價應聲下跌。因此政府亦於中華民國96年8月29日於農防字第0961473107號中修正動物用藥品使用準則，水產動物用藥品使用規範。其內規定使用對象、用途、用法、用量、停藥期及使用上應注意事項。藥物使用並非絕對安全，於高劑量使用下常引發魚群之大量死亡，因此對於藥物毒性更應認知。
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橈腳類感染症
病原型別：節肢動物， 甲殼類之橈腳 寄生蟲（Copepods）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）在台灣至少有四種以上病原
學名：(1) 淡水魚虱（freshwater fish lice, Argulus spp.）
(2) 海水魚虱（sea lice, Caligus spp.）
(3)錨頭蟲（針蟲）（Anchorpin worrn, Lernea spp.）
(4) 鰓魚蛆蟲（gill maggots, Ergasilus spp.）
病名（及俗名）：(1) 淡水魚虱症（freshwater fish lice disease, Argulosis）
(2) 海水魚虱症（sea lice disease; Caligosis）
(3)錨蟲症（Anchor worm disease, Lernaeosis）
(4) 鰓魚蛆症、鰠感染症（Gill maggots disease; Ergasilosis）
最早發現者：(1)O.F. Muller, 1785
(2)O.F. Muller, 1785
(3)C. Linnaeus, 1758
(4)Von Nordmann, 1832
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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隱孢子蟲症
病因：隱孢子蟲(Cryptosporidium.spp)感染，確認可感染的爬蟲的為 Cryptosporidium.serpentis
症狀：食慾精神低下及厭食，蛇類在進食後持續或週期性的發生 嘔吐或反逆症狀，可能嘔出未消化的食物。
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