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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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冷水病
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水
學名： Flavobacterium psychrophilum
病名(及俗名)：Cold water disease；fin rot；peduncle disease
最早發現者： Borg(1948)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌, oxidase陽性，catalas陽性，phosohatase陽性，ribonuclease陽性，好氧，直徑大小為1- 5 μm (Leadbetter, 1974;人畜共通：非人畜共通Bernardet et al., 1996)
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河鯰病毒病
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水
學 名： Ictalurid herpesvirus 1
病名(及俗名)：Channel catfish virus disease
最早發現者：發現於1968年 病毒確認於1971年
OIE狀況：未表列(Not Listed)
河鯰 病毒病為一病程迅速且具高度傳染性的 病毒性疾病，發生於養殖的幼年河鯰。
本病非人畜共通傳染病
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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病毒性神經壞死病
描述
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：病毒性神經壞死病(viral Nervous Necrosis；VNN)，病毒性腦病及視網膜病(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)
最早發現者：Bellance及Gellet de Saint Aurin(1988)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
無封套，直徑約20nm-35nm，呈二十面體結構，內含有兩條正向單股RNA分子，分子量分別為Mr1.17和0.48。於酸性環境中穩定，而60℃下1小時即失去活性。(莊蕙菁，2005)
人畜共通：No
病原分類
2.病原分類
Nodaviridae科， betanodavirus屬，海水魚神經壞死病毒分離株比對外鞘蛋白質基因序列 ( T4 )，可分成 ( SJ ) NNV、( TP ) NNV、( BF ) NNV、( RG ) NNV四種基因型，用交叉中和反應檢測四種NNV基因型之間的血清類源關係，分成三種血清型：SJNNV為一型，TPNNV為一型，BFNNV和RGNNV 則歸在一型，然而BFNNV的宿主皆為冷水魚，而RGNNV的宿主皆為溫水魚。台灣目前所有的分離株皆屬於RGNNV基因型。(中華民國水產種苗協會，2006)
別名：
命名沿革：1992年日本條紋鰺中發現類VNN病例，命名為條紋鰺神經壞死病毒(striped jack nervous necrosis virus,SJNNV)，魚類因病毒感染不同魚種而有不同的疾病名稱，如歐洲養殖鮃魚的腦炎(encephalo-myelitis)、法國海鱸和挪威大西洋比目魚的病毒性腦病及視網膜病變(Viral encephalopathy and retinopathy；VER)及法國海鱸的魚類腦炎(fish encephalotis)。
疾病特性
感染路徑：本病除可藉由種魚垂直感染及病魚水平傳染外，亦可藉由食入帶原病毒之生物餌料及養殖池所使用的網具和桶子而相互感染。(Skliris GP，1998)
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愛德華氏病 (鰻魚肝腎病)
病因： Edwardsiella tarda
症狀：迴旋態游動而死亡，並可見魚隻張口， 鰓蓋怒開、貧血。 皮膚病灶、鰓部蒼白、 眼睛腫大、黏液過度分泌， 鱗片糜爛及 潰瘍。肛門 腫脹及 出血。在甚 急性病例，常見魚體腹側 皮膚充血Meyer and Bullock 1973; Padros et al 2006)。輕微的病例中，僅見魚體後側部 皮膚有小病灶，約3–5 mm寬。隨這病程進展， 軀幹肌肉開始有膿瘍灶的發生，之後 膿瘍灶會快速變大，產生大型空腔並充滿氣體。病灶處常有色素的流失(Sahoo et al 1998)。切開這些 膿瘍灶，會有腐臭味。隨後魚體的後半身會失去控之能力。
魚種：幾乎所有 淡水及 海水魚均會感染。
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傳染性胰壞死症
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 海水、 淡水、半淡鹹水 (Brackish Water, Marine 、freshwater)
學名：
病名(及俗名)：acute catarrhal enteritis
最早發現者：Wolf, snieszko et al 1960
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要： 病毒顆粒為二十面體，其大小約60nm(fig1)，具有兩段雙股RNA (bi-segmented double –stranded RNA)，由分離之 病毒之中和試驗 (neutralization tests)顯示，可區分成兩組無交叉反應之serogroups。主要之 病毒 strains 是屬於serogroup A，serogroup A 中最少可區分到9個serotypes，且毒力有明顯之差異。
病毒其有2條nucleotides，其較小為2,784bp 其encodes 為VP1，此與 病毒之RNA-dependent RNA polymerase 有關 (Dobos 1995)，
另一條其大小為3,097bp其 具有2個 overlapping open reading frames. 其一較短為一約17-kDa arginine-ric 之非結構性蛋白(VP5)，另一較長為一約 106-kDa 蛋白，其順序為NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH，其中VP2及VP3 皆為結構性蛋白(Villanueva 2004)。
人畜共通：無(No)
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迴旋病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名：Whirling disease
病名(及俗名)：
最早發現者：Hofer (1903)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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