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指環蟲症
病因: Gyrodactylus spp. 及 Dactylogyrus spp. 兩者最為常見。
症狀: 活動亢進，泳態怪異，常會跳起水面或摩擦身體。魚體褪色，呼吸加快， 鰓蓋擴張，露出 腫脹、蒼白的鰓部。 皮膚會有散佈的 出血及 潰瘍灶。死亡率高。
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細菌性鰓病
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水
學名： Flavobacterium branchiophilum
病名(及俗名)：Bacterial gill disease (BGD)
最早發現者：Davis (1926)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌，型態彎曲，長度1μm ~5μm，菌落通常呈橘 黃色，其生化特性oxidase試驗為陰性, phosphatase試驗為陰性而ribonuclease試驗則為陽性。
人畜共通：非人畜共通
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毒藻；紅潮
水中有毒藻類過度繁殖造成其他的水中生物危害，一般稱為「紅潮」係泛指由單細胞浮游藻類過度生長引起一種水生現象，是一個通常用辭，可發生在全球各個國家地區的海洋、近海沿岸、海灣、 淡水及湖泊，其造成因素之一與人類活動，氮磷營養原之升高的污染有關，故河川滙入處之河口湖岸等也皆可發生，地球氣候變化水溫升高之聖嬰現象也會影響。科學家較喜歡用的名詞是藻華Algal bloom。
藻華形成時顏色並不都是紅色，依藻相和生長的密度，顏色從無大變化到綠色
、棕色，也可能粉紅色到紫色，有時呈暗濁。魚場之魚群不特定的會報告死亡疫情，藻類生長密度甚高時，對岸邊活動人類也會經由空氣吹散而致身體不適，游泳是安全的但可能會有 皮膚、黏膜的刺激。對水生動物之危害報告較一般性，1994在南非發生的赤潮導致數仟噸所有魚種及甲殼類的死亡，1987有研究學者報告座頭鯨等海洋哺乳動物因赤潮而大量死亡，日本瀨戶內海也曾有相似的漁業災情。因此研究人員較常用稱「Harmful algal bloom, HAB.」。
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草魚里奧病毒症
1.病原型別： 病毒（Virus）
病原環境： 淡水（freshwater）
學名：Grass carp reovirus
病名（及俗名）： 草魚出血性 病毒症（Grass carp hemorrhagic virus GCHV）， 魚類里奧 病毒症（Fish reovirus）
最早發現者：未詳（1984）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
病毒為20面體和5：3：2對稱之球形顆粒，直徑為65至72nm，具雙層蛋衣殼、無外膜，外周有20個殼粒、核心直徑約在50nm， 病毒基因組由11條雙股RNA片段組成，總分子量為1.5×107Da，各片段分子量介於3.0×106～0.5×106Da問，第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ級分別包含有3、3、3、2個片段； 病毒耐酸（pH3）、耐鹼（ph10）、耐熱（56℃）；對氯仿、乙醚等溶劑不敏感。能在宿主細胞質中複製，最適溫度為25～28℃。
人畜共通：No
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六鞭毛蟲症
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水、 淡水（marine、freshwater）
學名： Spironucleus salmonis n. comb Poynton et al. 2004, （ Octomitus salmonis sensu Moore 1922, Davis 1926）、（ Hexamita salmonis sensu Ferguson 1979）
病名（及俗名）：六鞭毛蟲症（Hexamitosis）、於2004發表更改為旋核六鞭毛蟲症（Spironucleosis）
最早發現者：Moore et al.（1922）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
具四對鞭毛，其中前鞭毛3對，後鞭毛1對，並形成軸桿。胞核1對，在蟲體前端呈八字排列，蟲體一般呈棃形、後端尖銳，無切口及胞口，軸桿的結構較複雜，由1對副原纖維的空管，其中包裹著後鞭毛，通過蟲體向後延伸，毛基體在胞核之前。後鞭毛沿著蟲體部份與胞質相連，成為軸桿。蟲體之滋養型態一般呈卵 圓形，兩側對稱，背腹扁平。滋養體在宿主 腸管內繁殖分裂，最後形成卵 圓形包囊， 包囊可在水中生活數天，最多7天。
人畜共通：No
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螯蝦瘟/小龍蝦瘟疫
病原概述
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學 名： Aphanomyces astaci
病名(及俗名)：Crayfish aphanomyciasis, La peste, Krebspest, Kraftpest.
最早發現者：Schikora 1906
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
小 龍蝦瘟疫(Crayfish Plague)是所有非北美洲來源 螯蝦的一種高度傳染性疾病，其病原為一種屬卵菌綱(Oomycetes)之 黴菌Aphanomyces astaci ，其生殖菌絲不分隔(節)，但具多分支，菌絲寬度約為7~9 µm，非人畜共通傳染病。
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發光桿菌病
病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名： Photobacterium damselae subsp. Piscicida
病名(及俗名)： Photobacteriosis
最早發現者：Gauthier et al., (1995)
ＯＩＥ狀況：非表列(Not Listed)
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