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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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殼病
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：Chitinolytic bacterial disease, Epizootic shell disease.
最早發現者：Malloy等(1978) 在 龍蝦發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
基丁質溶解革蘭氏陰性細菌及偽單孢菌( Pseudomonas), 弧菌( Vibrio) 及產黃桿菌科 ( Flavobacteriaceae)的細菌均被分離過。
人畜共通：否
2.病原分類
Pseudomonadaceae, Vibrionaceae, Flavobacteriaceae科， Cytophaga-，
Flavobacter 及 Alpha proteobacteria groups；Oceanobacillus，Staphylococcus屬.。
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馬特里病
病原型別：原生生物(protistan)
病原環境：海水
學名： Mikrocytos mackini
病名(及俗名)：Denman Island disease 或稱 Microcell disease of Pacific oyster.
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
Mikrocytos mackini 為一原生動物大小約2-4Mm，目前所知尚無其它strains (Farley 1988)，對於此病原於離開宿主後存活情形不祥，病原可經水而水平傳染。
人畜共通：No
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傳染性皮下及造血組織壞死症
病原型別：病毒(virus)
病原環境：海水
學名：
病名(及俗名)：侏儒畸形症
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
IHHNV為二十面體大小約20-22nm之病毒，於超高速離心下，於CsCl 之等密度為1.40 g/ml，核酸為單股DNA 病毒其大小約4.1Kb (Nunan et al 2000)。具有4個genotype (OIE 2006)，但目前所知僅其中兩個genotype 可感染白蝦( Litopenaeus vannamei ) 及/或草蝦 ( Penaeus monodon )
人畜共通：無(No)
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傳染性肌肉壞死病
病原型別：病毒(virus)
病原環境：主要於海水及半淡鹹水 (brackish and marine water)
病名(俗名)
最早發現者：2002年時於巴西第一次發生傳染性肌肉壞死病毒（Infectious Myonecrosis Virus, IMNV) 主要危害白蝦（南美白對蝦， L. vannamei）， IMNV 為一個全新的病毒(Lightner et al 2004; Poulos et al 2006) 之後於亞洲之印尼亦發生同樣疾病 (Senapin et al 2007)
OIE 狀況：listed under article 1.2.3. of the aquatic code
病原摘要：IMNV病毒顆粒為二十體直徑約40nm (fig. 1)，於離心下在cesium chloride之buoyant sensity密度為1.366g/mL，為雙股之RNA病毒其基因體為7,560bp。
人畜共通：無
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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淋巴囊腫病
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水、半淡鹹水及 海水魚皆有感染紀錄(fresh-water, brackish and sea- water)。
學名：
病名：淋巴囊腫病
最早發現者：Lowe 1874
病原摘要： 病毒顆粒為正20 面體大小於130-380nm 之間。 病毒顆粒於外膜具有明顯之fuzzy filaments之結構。
人畜共通：不會
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碘泡蟲症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Myxobolus koi
病名(及俗名)：碘泡蟲症
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：為魚之 寄生蟲，屬於粘液胞子蟲(myxosporea)，其中之 Myxobolus 中所知之品種最少已有超過 500種以上可感染魚隻(Lom& Dykova 1992) 蟲體
人畜共通：No
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腸紅嘴病
病因： Yersinia ruckeri。
症狀：遲鈍、厭食，嘴部、 口腔、峽部及鰭基部皮下、 鰓絲出血、 腹部擴張、 腹水。眼球 突出、眼窩及虹膜 出血、眼球破裂。體色變暗、獨游、活動力下降。
魚種：虹鱒 ( Oncorhynchus mykiss)、大西洋鮭魚 ( Atlantic salmon)、太平洋鮭魚 (Pacific salmon) 及非 鮭科魚類，如銀側美洲鱥 (Emerald shiner, Notropis atherinoides)、鰷魚 (fathead minnows, Pimephales promelas)，金魚 (Goldfish, Carassius auratus)，白鱒 (whitefish, Coregonus spp.)，比目魚 (turbot, Scophthalmus maximus)， 鱸魚鱸魚 (seabass, Dicentrarchus labrax) 及鯛魚 (seabream, Sparus auratus)。
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愛德華氏病 (鰻魚肝腎病)
病因： Edwardsiella tarda
症狀：迴旋態游動而死亡，並可見魚隻張口， 鰓蓋怒開、貧血。 皮膚病灶、鰓部蒼白、 眼睛腫大、黏液過度分泌， 鱗片糜爛及 潰瘍。肛門 腫脹及 出血。在甚 急性病例，常見魚體腹側 皮膚充血Meyer and Bullock 1973; Padros et al 2006)。輕微的病例中，僅見魚體後側部 皮膚有小病灶，約3–5 mm寬。隨這病程進展， 軀幹肌肉開始有膿瘍灶的發生，之後 膿瘍灶會快速變大，產生大型空腔並充滿氣體。病灶處常有色素的流失(Sahoo et al 1998)。切開這些 膿瘍灶，會有腐臭味。隨後魚體的後半身會失去控之能力。
魚種：幾乎所有 淡水及 海水魚均會感染。
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傳染性鮭類貧血
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境：ISA 主要感染 海水養殖 魚類或曾與 海水接觸過之魚種，但Nylund 1998.研究結果指出，養殖於 淡水之魚種仍會被本 病毒感染。
學名：
病名(及俗名)：
最早發現者：報告於1984年在挪威 (Norway) 海水養殖之大西洋鮭魚(Atlantic salmon; Salmo salar L)感染本病(ISA)Thorud & Djupvik 1988。
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：ISAV不具被膜其顆粒大小約100-130nm。具有8段單股之RNA 病毒，ISAV 對UV相當敏感。(OIE 2006)，於pH 5以下不活化， 病毒可於 海水中存活超過20小時以上，於血液及腎組織中，6℃下存活4天 (Roberts 2003)。
人畜共通：無
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錦鯉疱疹病毒
1.病原概述：
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 淡水
學名：
病名(及俗名)： koi herpesvirus disease (KHVD)
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
病毒之genome 大小約150Kbp到277-295Kbp 之間(Ishioka et al 2005)至少已有4個基因已被研究分別為 helicase、intercapsomeric triplex protein, DNA polymerase, 及 major capsid protein。基因上與 CyHV-1 及 CyHV-2 相近，但與, channel catfish virus virus ( Ictalurid herpesvirus: IcHV-1) 則較不相似。 病毒為二十面體、大小約80-120nm之間，具有被膜(envelope)( Perelberg et al 2003)。於血清學研究KHV 與CyHV-1 具有交叉反應(OIE 2006)。
人畜共通：No
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錨蟲感染症
1.病原概述
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名：主要感染品種為 Lernaea cyprinacea
病名(及俗名)：錨蟲(anchor worms)，又稱箭蟲或針蟲
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：錨蟲為撓腳類之 寄生蟲可感染多種 淡水魚種，蟲體須經過metamorphosis 之後才會成蟲
人畜共通：No
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螯蝦瘟/小龍蝦瘟疫
病原概述
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學 名： Aphanomyces astaci
病名(及俗名)：Crayfish aphanomyciasis, La peste, Krebspest, Kraftpest.
最早發現者：Schikora 1906
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
小 龍蝦瘟疫(Crayfish Plague)是所有非北美洲來源 螯蝦的一種高度傳染性疾病，其病原為一種屬卵菌綱(Oomycetes)之 黴菌Aphanomyces astaci ，其生殖菌絲不分隔(節)，但具多分支，菌絲寬度約為7~9 µm，非人畜共通傳染病。
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發光桿菌病
病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名： Photobacterium damselae subsp. Piscicida
病名(及俗名)： Photobacteriosis
最早發現者：Gauthier et al., (1995)
ＯＩＥ狀況：非表列(Not Listed)
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上皮囊腫
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水及 海水
學名：
病名(及俗名)： 上皮囊腫
最早發現者：
本病 於1920 年 plehn 最早描述於common carp Cyprinus carpio L 但當時認為是mucophilosis ，之後Hoffman 等人於1969 才正式病原為一種 細菌且命為epitheliocystis。
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氣泡病
病原概述
病原型別：非病原感染引起。
環境： 淡水、 海水環境皆會發生。
最早發現者：首由Gorham(1898)年提出(Roberts 2001)
ＯＩＥ狀況：未表列
摘要：氣泡病就是池水中含氮量、溶氧量或其它氣體過飽而引起 魚類氣體栓塞(gas embolism)的疾病。
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微孢子蟲感染
病原型別：原蟲
病原環境： 海水 淡水
學名：目前發現感染 魚類之微孢子蟲之種類相當繁多如本省發生於鰻魚凹凸病之 Heterosporis anguillarum (之前命名為 Pleistophora anguillarum)、 發生於 香魚(ayu)的 Glugea plecoglossi、發生於Salmonids 之 Loma salmonae 或發生於yellowtail 的 Microsporidium seriolae 等
病名(及俗名)：鰻魚凹凸病 (洪 1984)、beko disease (Egusa 1982)等。
最早發現者：Matsubayashi et al 1959 最早報告人感染微孢子蟲病例
ＯＩＥ狀況：非表列
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