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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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隱鞭毛蟲症
病因： Cryptobia spp.
症狀：眼球 突出、 脾臟腫大、 全身性水腫、 腹部膨大、 腹水、厭食、
游泳能力降低、小球性低色性貧血、免疫力低下、庫姆氏 (Coomb’s) 試驗陽性。
魚種：所有品種的太平洋鮭魚 (Pacific salmon, Oncorhynchus spp.) 及溪鮭 (brook charr, Salvelinus fontinalis)
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指環蟲症
病因: Gyrodactylus spp. 及 Dactylogyrus spp. 兩者最為常見。
症狀: 活動亢進，泳態怪異，常會跳起水面或摩擦身體。魚體褪色，呼吸加快， 鰓蓋擴張，露出 腫脹、蒼白的鰓部。 皮膚會有散佈的 出血及 潰瘍灶。死亡率高。
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流行性造血組織壞死症
病因：Epizootic haematopoietic necrosis virus (EHNV)、European sheatfish virus (ESV)或European catfish virus (ECV)。 症狀：體色變暗、無活力、共濟失調、 魚種：紅鰭 鱸魚 (redfin perch, Perca fluviatilis)、虹鱒 (rainbow trout, Oncorhynchus mykiss)、 鯰魚 (Silurus glanis, Ictalurus melas)、澳洲麥氏鱸 (Macquarie perch , Macquaria australasica)、食蚊魚 (mosquito fish, Gambusia affinis)、 澳洲銀鱸 (silver perch, Bidyanus bidyanus)、山南乳魚 (mountain galaxias, Galaxias olidus)。
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細菌性鰓病
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水
學名： Flavobacterium branchiophilum
病名(及俗名)：Bacterial gill disease (BGD)
最早發現者：Davis (1926)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌，型態彎曲，長度1μm ~5μm，菌落通常呈橘 黃色，其生化特性oxidase試驗為陰性, phosphatase試驗為陰性而ribonuclease試驗則為陽性。
人畜共通：非人畜共通
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碘泡蟲症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Myxobolus koi
病名(及俗名)：碘泡蟲症
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：為魚之 寄生蟲，屬於粘液胞子蟲(myxosporea)，其中之 Myxobolus 中所知之品種最少已有超過 500種以上可感染魚隻(Lom& Dykova 1992) 蟲體
人畜共通：No
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腸紅嘴病
病因： Yersinia ruckeri。
症狀：遲鈍、厭食，嘴部、 口腔、峽部及鰭基部皮下、 鰓絲出血、 腹部擴張、 腹水。眼球 突出、眼窩及虹膜 出血、眼球破裂。體色變暗、獨游、活動力下降。
魚種：虹鱒 ( Oncorhynchus mykiss)、大西洋鮭魚 ( Atlantic salmon)、太平洋鮭魚 (Pacific salmon) 及非 鮭科魚類，如銀側美洲鱥 (Emerald shiner, Notropis atherinoides)、鰷魚 (fathead minnows, Pimephales promelas)，金魚 (Goldfish, Carassius auratus)，白鱒 (whitefish, Coregonus spp.)，比目魚 (turbot, Scophthalmus maximus)， 鱸魚鱸魚 (seabass, Dicentrarchus labrax) 及鯛魚 (seabream, Sparus auratus)。
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鐘形蟲症
病因： Epistyliasis sp.
症狀：魚體表有粘液狀或棉絮狀附著物，患部有時 充血潮紅。鰓部感染時，有呼吸困難，活力減退等現象。
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台灣異形吸虫症
病原型別：吸虫（Trematodes）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish ＆ freshwater）
學名： Centrocestus formosanus
病名（及俗名）：台灣異形吸虫症（ Centrocestus formosanus infection），異形吸虫症（Heterophylosis、Centrocestiasis）
最早發現者：Nishigori et al.（1924）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
本吸虫體之大小為0.36mm×0.179mm，前後兩列頭棘，大小不等各有16支，共有32支，子宮內卵子數約10至20個左右，卵殼外表呈格子狀斑紋，寄生於終宿主之小腸特別是十二指腸，而第二中間宿主為 淡水魚類，以其 鰓絲為主要危害器官。
人畜共通：目前異形科（Heterophyidae）內的吸虫，感染人體的報告共有5種，包括台灣異型吸虫（ Centrocestus formosanus Nishigori, 1924）
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錦鯉疱疹病毒
1.病原概述：
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 淡水
學名：
病名(及俗名)： koi herpesvirus disease (KHVD)
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
病毒之genome 大小約150Kbp到277-295Kbp 之間(Ishioka et al 2005)至少已有4個基因已被研究分別為 helicase、intercapsomeric triplex protein, DNA polymerase, 及 major capsid protein。基因上與 CyHV-1 及 CyHV-2 相近，但與, channel catfish virus virus ( Ictalurid herpesvirus: IcHV-1) 則較不相似。 病毒為二十面體、大小約80-120nm之間，具有被膜(envelope)( Perelberg et al 2003)。於血清學研究KHV 與CyHV-1 具有交叉反應(OIE 2006)。
人畜共通：No
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阿米巴原蟲感染症
病原型別： 寄生蟲
病原環境：淡、 海水
學名：Amoebosis
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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橈腳類感染症
病原型別：節肢動物， 甲殼類之橈腳 寄生蟲（Copepods）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）在台灣至少有四種以上病原
學名：(1) 淡水魚虱（freshwater fish lice, Argulus spp.）
(2) 海水魚虱（sea lice, Caligus spp.）
(3)錨頭蟲（針蟲）（Anchorpin worrn, Lernea spp.）
(4) 鰓魚蛆蟲（gill maggots, Ergasilus spp.）
病名（及俗名）：(1) 淡水魚虱症（freshwater fish lice disease, Argulosis）
(2) 海水魚虱症（sea lice disease; Caligosis）
(3)錨蟲症（Anchor worm disease, Lernaeosis）
(4) 鰓魚蛆症、鰠感染症（Gill maggots disease; Ergasilosis）
最早發現者：(1)O.F. Muller, 1785
(2)O.F. Muller, 1785
(3)C. Linnaeus, 1758
(4)Von Nordmann, 1832
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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