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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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魚類立克次體症
1.病原概述
病原型別：細菌
病原環境： 淡水及海水
學名： Piscirickettsia salmonis
病名(及俗名)：Salmonid rickettsial septicemia (SRS), Coho salmon syndrome
最早發現者： Bravo等(1989).在智利發現本症，Fryer 等(1990, 1992)分離及正式命名。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：革蘭氏陰性、營養需求高、絕對魚類細胞質內生長的細菌。親緣關係上，它與Coxiella 及 Francisella 有些微親緣關係。.
命名沿革：最早由Fryer 等(1992) 命名 。
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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香魚微孢子蟲症
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 淡水（freshwater）
學名： Glugea plecoglossi
病名（及俗名）： 香魚微孢子蟲症（Microsporidiosis of Ayu）或Glugeosis
最早發現者：Takahashi & Egusa（1977）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
微孢子蟲（microsporidia）之孢子呈棃形、卵 圓形及橢 圓形等，孢子平均大小5.8µm×2.1µm；內部構造須在電子顯微鏡下使可觀察清楚。孢子外面具有三層組成之孢膜，前端有一極帽（polar cap）、極泡的前部呈鬆散之 薄片狀，極絲或極管（polar filament或polar tube）呈管狀，基部附著於極帽口，具有附著盤（anchoring disc），極絲斜行穿過極泡（後極泡，posterior vacuole），其長約100µm，然後呈螺旋狀盤繞於孢質（sporoplasm）和極泡後部周圍，而盤繞的圈數可作為分類的依據，孢子末端膨大成杯狀或囊狀，有一極囊（polar capsule）大小為5.0～6.1µm×2.0～2.6µm，囊內有極核（polar nucleus）。
人畜共通：No
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魚類球蟲症
病原型別：原虫（Protozoa）
病原環境： 海水、半 淡水鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）
學名：有多種球虫種類，目前文獻記載計有Cryptosporidium spp., Isospora spp., Octosporella spp., Calyptospora spp., Goussia spp., Crystallospora spp., Epieimeria spp., Eimeria spp., 計8種虫體，其中以艾美球虫（ Eimeria spp.）感染種類最多，依Duszynski et al., 2000報告，超過1300種艾美球虫，被感染約有500種變溫動物（包括 魚類、爬虫類及 兩棲類）。
病名（及俗名）： 魚類球虫症（Coccidiosis of fish、piscine coccidiosis）
最早發現者：Eimeria Schneider,（1875）；Goussia Labbe,（1896）；Octosporella Ray & Raghavachari,（1942）；Calyptospora Overstreet et al.,（1984）；Epieimeria Dykova & Lom,（1981）；Isospora, Schneider,（1881）；Crystallospora Labbe,（1899）；Cryptosporidium Tyzzen,（1907）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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泄殖腔脫垂
主要是由於刺激性的原因造成器官及 肌肉過度用力，像是腸炎、膀胱 結石和 便秘而發生； 神經功能不足；陰莖或 半陰莖會因感染、以探針判別性別時、以及在交配時強行分開而脫出；雌性 輸卵管會因卵滯症及造成裡急後重的原因而脫出；膀胱會因為膀胱炎或 結石而脫出；結腸主要是因為裡急後重的用力、便祕、 細菌性及 寄生蟲性的腸炎而造成。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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甲魚阿米巴原蟲感染症
阿米巴為重要的疾病病原，目前並未歸類在各門或各類中(Lee et al., 2000)。阿米巴具有偽足(i.e.,假腳)。阿米巴感染症為重要的臨床疾病，並感染在圈養的龜類和蛇類，而有幾種阿米巴會感染在 爬蟲類(Barnard and Upton, 1994)。顯然此原蟲可與爬蟲共生， 其他像是 Entamoeba invaden是重要的病原體。
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