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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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偽單胞菌感染症
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水
學名： Pseudomonas fluorescens及 Pseudomonas anguilliseptica.
病名(及俗名)： 偽單胞菌敗血症Pseudomonad septicaemia ( P. fluorescens)，紅點病（赤點病）red spot disease 或 red pest ( P. anguilliseptica)。
最早發現者：Plehn (1924) 在鯉魚發現P. fluorescens。Wakabayashi (1972)在日本鰻發現P. anguilliseptica。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
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兩棲類壺菌感染症
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學名： Batrachochytrium dendrobatidis
病名(及俗名)：Infection with Batrachochytrium dendrobatidis. Chytridiomycosis or cutaneous chytridiomycosis. Amphibian chytrid fungus, frog chytrid fungus, frog chytrid.
最早發現者：Longcore et al. (1999)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
該 黴菌菌體外觀為球狀且表面 粗糙之游動孢子囊 (直徑為5-40 μm)並具有1個或數個排出管而排出管開口朝向 皮膚表面，排出具有感染力的孢子。游動孢子囊於生長期會行成”根狀樣”結構(假根)。游動孢子外觀亦為球形且表面 粗糙(直徑為3-5 μm)，其前端具一鞭毛，於 淡水中具運動性。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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馬特里病
病原型別：原生生物(protistan)
病原環境：海水
學名： Mikrocytos mackini
病名(及俗名)：Denman Island disease 或稱 Microcell disease of Pacific oyster.
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
Mikrocytos mackini 為一原生動物大小約2-4Mm，目前所知尚無其它strains (Farley 1988)，對於此病原於離開宿主後存活情形不祥，病原可經水而水平傳染。
人畜共通：No
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淡水性白點虫病
病原型別：原虫（protozoa）
病原環境： 淡水（freshwater）
學名： Ichthyophthirius multifiliis
病名（及俗名）：Ichthyophthiriasis, white spot disease
最早發現者：Kabate et al.（1985）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
成虫為球形或卵 圓形，大小為0.3～0.8×0.35～0.5cm，虫體表有分佈均勻的纖毛，胞口近於前端腹面，呈約6字形，虫體內具有１馬蹄形狀大核及1個球狀小核，胞質外層具有許多小伸縮泡和食物泡。幼虫呈卵形或橢 圓形，前端尖、後端圓，前端具有1個乳突狀鑽孔器，全身被有等長之纖毛、後端有1根粗而長的尾毛，大核呈卵形或橢 圓形、小核呈球形狀，一般在虫體前半部。
人畜共通：No
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魚類球蟲症
病原型別：原虫（Protozoa）
病原環境： 海水、半 淡水鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）
學名：有多種球虫種類，目前文獻記載計有Cryptosporidium spp., Isospora spp., Octosporella spp., Calyptospora spp., Goussia spp., Crystallospora spp., Epieimeria spp., Eimeria spp., 計8種虫體，其中以艾美球虫（ Eimeria spp.）感染種類最多，依Duszynski et al., 2000報告，超過1300種艾美球虫，被感染約有500種變溫動物（包括 魚類、爬虫類及 兩棲類）。
病名（及俗名）： 魚類球虫症（Coccidiosis of fish、piscine coccidiosis）
最早發現者：Eimeria Schneider,（1875）；Goussia Labbe,（1896）；Octosporella Ray & Raghavachari,（1942）；Calyptospora Overstreet et al.,（1984）；Epieimeria Dykova & Lom,（1981）；Isospora, Schneider,（1881）；Crystallospora Labbe,（1899）；Cryptosporidium Tyzzen,（1907）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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肺炎及下呼吸道感染
病因: 細菌， 病毒， 黴菌， 寄生蟲。
症狀:
陸龜的呼吸道感染症狀包括 沉鬱、 呼吸困難、伸長頸部張口呼吸、鼻分泌物(通常出現在上呼道疾病,較少出現於肺炎)、 脫水和發紺。在水龜可能在水中具肺炎的體側較重，會導致泳姿傾斜並減少待在水中的時間，蛇類 頭部可能貼著飼養箱的缸壁頂端幫助呼吸。
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鯉痘
鯉痘是一種良性的表皮 增生的疾病。可能是最早被發現的魚的 病毒性疾病，大約在四百年前即被發現。其最典型的症狀即為體表表皮的良性 增生，而形成 白色或乳 白色或灰 白色略為光亮且堅硬的，體表凸出的乳凸瘤(papilloma)。乳頭瘤是從 皮膚表皮的 上皮細胞 增生而來，不會轉移也沒有侵入性，但是在嚴重乳頭瘤 增生的魚也會看到 生長遲緩及 消瘦的現象。組織切片下可以看到表皮(epidermis) 的 增生，形成皺褶狀。也可見到核內包含體，被感染的核中央的染色質 (chromatin) 消失，遷移至核邊緣，形成空泡樣的核病變 (Calle et al., 1999)。
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蛇的呼吸道疾病
鼻分泌物/鼻炎、張口呼吸、 濕式或不 正常的呼吸音、聲門周圍或近端氣管內的分泌物。務必與 食道分泌物( 胃炎/腸炎)或口炎的分泌物區分清楚，有時可能同時發生。蛇會分泌 厚且高黏性的黏液，在其飼育的 空間中可發現一團團的黏液塊。蛇不大會咳嗽且氣管相當長，因此當有黏液卡住時是相當嚴重的，可能需要氣管灌洗。另外也會有 鼻孔阻塞及突然死亡情形。
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蜥蜴的呼吸系統疾病
病因：
病毒性
蛇副黏液 病毒(Ophidian paramyxovirus, OPMV)
細菌性
分枝桿菌(mycobacteria)
細菌性肺炎(尤其在水龍常見)
黴菌性
黴菌性肺炎
黴菌性胸膜炎
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