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指環蟲症
病因: Gyrodactylus spp. 及 Dactylogyrus spp. 兩者最為常見。
症狀: 活動亢進，泳態怪異，常會跳起水面或摩擦身體。魚體褪色，呼吸加快， 鰓蓋擴張，露出 腫脹、蒼白的鰓部。 皮膚會有散佈的 出血及 潰瘍灶。死亡率高。
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流行性造血組織壞死症
病因：Epizootic haematopoietic necrosis virus (EHNV)、European sheatfish virus (ESV)或European catfish virus (ECV)。 症狀：體色變暗、無活力、共濟失調、 魚種：紅鰭 鱸魚 (redfin perch, Perca fluviatilis)、虹鱒 (rainbow trout, Oncorhynchus mykiss)、 鯰魚 (Silurus glanis, Ictalurus melas)、澳洲麥氏鱸 (Macquarie perch , Macquaria australasica)、食蚊魚 (mosquito fish, Gambusia affinis)、 澳洲銀鱸 (silver perch, Bidyanus bidyanus)、山南乳魚 (mountain galaxias, Galaxias olidus)。
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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鐘形蟲症
病因： Epistyliasis sp.
症狀：魚體表有粘液狀或棉絮狀附著物，患部有時 充血潮紅。鰓部感染時，有呼吸困難，活力減退等現象。
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香魚微孢子蟲症
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 淡水（freshwater）
學名： Glugea plecoglossi
病名（及俗名）： 香魚微孢子蟲症（Microsporidiosis of Ayu）或Glugeosis
最早發現者：Takahashi & Egusa（1977）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
微孢子蟲（microsporidia）之孢子呈棃形、卵 圓形及橢 圓形等，孢子平均大小5.8µm×2.1µm；內部構造須在電子顯微鏡下使可觀察清楚。孢子外面具有三層組成之孢膜，前端有一極帽（polar cap）、極泡的前部呈鬆散之 薄片狀，極絲或極管（polar filament或polar tube）呈管狀，基部附著於極帽口，具有附著盤（anchoring disc），極絲斜行穿過極泡（後極泡，posterior vacuole），其長約100µm，然後呈螺旋狀盤繞於孢質（sporoplasm）和極泡後部周圍，而盤繞的圈數可作為分類的依據，孢子末端膨大成杯狀或囊狀，有一極囊（polar capsule）大小為5.0～6.1µm×2.0～2.6µm，囊內有極核（polar nucleus）。
人畜共通：No
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魚孢黴菌症
1.病原型別： 黴菌（Fungus）
病原環境： 海水及 淡水（marine, freshwater）
學名： Ichthyophonus hoferi
病名（及俗名）：魚孢 黴菌症（Ichthyophoniasis）
最早發現者：Hofer et al.（1893）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
在病魚組織中可同時存在本病原生活史中的幾個不同型態之菌體變化，但以多核球狀體（multinucleate spherical body）或稱為合孢體最易觀察與存在；是由菌體細胞核直接分裂增加核數，細胞壁一面肥 厚與增長，而發育成數十到一百個左右之多核球狀體，如果是侵害稚魚，其多核球狀體直徑大小約20-125µm，感染一年魚之病魚，直徑約40-140µm。
人畜共通：No
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肝類臘質變性
本病多發生在集約式養殖型態，尤其在鮭鱒類，虹鱒特別容易發生。
1.病因：飼料中含過量的不飽和脂肪酸。
a.餵飼品質不良之飼料（例如腐敗含臭油味的魚粉及肉骨粉），飼料中含大量過氧化的不飽和脂肪酸，破壞魚體的Vit.A及E（尤其Vit. E為天然的強抗氧化劑，
在正常的情況下可保護細胞膜的脂肪酸）。
b.集約養殖的魚類，因過多的脂肪堆積於肝細胞，當不飽和脂肪酸大量增加時，由於缺乏生物的抗氧化劑，引發自體氧化作用（self-cxidation）而形成類臘質
（ceroid），類臘質為黃棕色的色素，堆積在肝細胞造成肝類臘質變性。
Ceroid最早在1941年於肝硬化的小白鼠發現，在H&E切片下，它是黃色顆粒
狀色素，其特性為：在石腊切片下為嗜蘇丹紅（sudanphilic）、抗酸性（acid-fast）、
嗜鹼性（basophilic）、等向性（isotropic）、鐵為陰性（iron negtive），為脂溶性，
不溶於水及酒精，以麥洛利氏血棕質染色（Mallory’s hemofuscin stain）及魏勾
德氏髓鞘染色（Weigert’s myelin stain）皆陽性，可還原鋨酸酐（Osmium tetroxide）
及碳酸二胺銀（diamine silver carbonate），但無法還原亞鐵氰化鐵（ferric
ferricyanide），格美林氏反應（Gmelin reaction）為陰性，於波長3650-3660Å可
見黃綠色螢光，在過甲酸或過碘酸（performic or periodic acid）氧化之後，不
論是否事先經澱粉糖化酵素消化，以席夫（Schiff）試驗測試醛類為陽性。（Wood
and Yasutake 1955）
2.症狀：發病魚隻呈深色的色素沈著、貧血及 停止攝食，結果導致病魚生長遲緩及高死亡率。
3.解剖病變： 肝臟腫大呈淺棕色， 膽囊充滿清澈的液體，腸管呈灰白色，腸壁變薄及鬆弛， 胃排空含少量透明白色液體，鰓呈明顯的貧血，此與血液相發生相當大的改變有關，因為紅血球數及血紅素減少所致。
4.組織病變：於肝細胞內可見ceroid，ceroid色素顆粒輪廓分明，分為兩種型態，
單一的小滴（single globules）或較為濔漫性的細小的顆粒狀（finely granular），
小滴型其抗酸性及各種染色性皆較強。（Wood and Yasutake 1955）
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藥物中毒
藥物使用不當不但造成魚隻藥物中毒且常引起藥物殘留問題，如92年中發生輸銷歐盟 吳郭魚被檢出藥物殘留(硝基夫喃代謝物)遭退運事件，輸日之活鰻含有磺胺劑、恩諾沙星(Enrofloxacin）及鰻、石斑魚含孔雀石綠（Malachite green）等事件，其相同結果為魚價應聲下跌。因此政府亦於中華民國96年8月29日於農防字第0961473107號中修正動物用藥品使用準則，水產動物用藥品使用規範。其內規定使用對象、用途、用法、用量、停藥期及使用上應注意事項。藥物使用並非絕對安全，於高劑量使用下常引發魚群之大量死亡，因此對於藥物毒性更應認知。
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痛風
病因：因疾病或 其他原因引起尿酸的代謝 異常， 血液中的尿酸濃度提升，形成高尿酸血症。尿酸鹽進一步在身體各部位臟器沉積，形成 痛風石。 痛風可分為原發性和次發性兩種。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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黴漿菌病
病因：目前在北美洲確認主要由 Mycoplasma agassizzi和 Mycoplasma testudineum感染所引起。
症狀
化 膿性鼻分泌、結膜炎、眼分泌物、眼瞼和 眼眶周圍 水腫。
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殼的淺層與深層潰瘍
病因：感染、 營養不良以及 外傷為最常見的原因。通常感染的主因可以區分 細菌性與 黴菌性的兩種。偶有發生健康水龜的病例，大都與飼養的環境水質不良有關。
症狀：病患呈現衰弱，精神、食慾不佳；背甲的殼顏色呈黃 褐色，且按壓時呈鬆 軟狀，甚至可能出現 膿瘍情形。
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維生素A缺乏症以及維生素A過多症
維生素A缺乏症：
病因:
飲食中缺少維生素A。
症狀:
在龜類最主要的就是眼瞼 水腫，伴隨有黃 白色細胞殘餘物在眼瞼底下，可能一眼或是兩眼。
其他可能會出現厭食、昏睡、體重下降和鼻或眼有分泌物。
箱龜會有耳朵、呼吸道的感染以及卵滯留。年幼海龜眼瞼會過度角化。腹股溝和腋窩 水腫顯示出伴隨有 腎衰竭及預後不佳。
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甲魚分枝桿菌
分枝桿菌症於爬行動物和兩棲動物是一古老的傳染病，通常分枝桿菌會造成 肉芽腫嚴重反應，但偶爾可由非 肉芽腫病變部位分離出 Mycobacterium spp.。
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甲魚阿米巴原蟲感染症
阿米巴為重要的疾病病原，目前並未歸類在各門或各類中(Lee et al., 2000)。阿米巴具有偽足(i.e.,假腳)。阿米巴感染症為重要的臨床疾病，並感染在圈養的龜類和蛇類，而有幾種阿米巴會感染在 爬蟲類(Barnard and Upton, 1994)。顯然此原蟲可與爬蟲共生， 其他像是 Entamoeba invaden是重要的病原體。
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甲魚產氣單胞菌感染症
在各主要的 爬蟲類中產氣單胞菌已被確定為一項重要的病原體（Ippen and Schroder, 1977），在大多數情況下，它被認為是伺機性的 細菌。 Aeromonas往往是次要的入侵病原。
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