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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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二氧化碳中毒
水中二氧化碳的來源包括：於大氣自行擴散入水中、地下水的湧溶、有機物分解及微生物呼吸所排出的廢氣；而有機物的分解，可能是大多數池塘獲得CO 2的主要來源。而CO 2的散逸，在於植物行光合作用，產生碳酸鹽沉積，或再擴散進入大氣中及加入其他化學反應。（黃旭田，1994）
二氧化碳比氧氣更容易溶於水，它是以分子的狀態溶在水裏，只有10 %會形成碳酸H2CO3，這兩種形式稱為游離的CO 2（free CO 2），另外以離子形態存在的稱為固定的CO 2（fixed CO 2），即碳酸氫根離子及碳酸根離子（HCO3- and CO32-），他們是水之中和能力很重要的因子。CO 2在流水表面的量很少超過20-30 mg/L，但在靜止不動的水面，CO 2的量會形成分層，因為浮游生物行光合作用的吸收，使上層游離的CO 2比下層少，表層的CO 2全部被光合作用消秏掉，如此一來水中的 PH值會增加到8.3以上，通常地面下層的水每公升含有數十毫克游離CO 2。
CO 2對魚的作用不是直接的就是間接的，間接的作用是影響水的 PH值，而當游離的CO 2過多或缺乏時，直接有害的影響就發生了
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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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親水性產氣單胞菌
病原型別： 細菌
病原環境：淡 海水皆會發生
學名： Aeromonas hydrohlila
病名(及俗名)：motile Aeromonas spp., red fin disease
最早發現者：Schaperclaus (1930)
OIE狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
Aeromonas hydrophila為革蘭氏陰性桿菌，因具有極性的單鞭毛，使其具有移動性。此種 細菌的直徑大小為0.3-1.0μm，長度為1.0-3.5μm，不具芽孢及莢膜。理想生長溫度為28℃，但於37℃下亦可生長。於培養基上的生長菌落顏色介於 白色至淡 粉紅色，圓型凸面且邊緣明顯。
人畜共通：人畜共通傳染病
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冷水病
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水
學名： Flavobacterium psychrophilum
病名(及俗名)：Cold water disease；fin rot；peduncle disease
最早發現者： Borg(1948)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌, oxidase陽性，catalas陽性，phosohatase陽性，ribonuclease陽性，好氧，直徑大小為1- 5 μm (Leadbetter, 1974;人畜共通：非人畜共通Bernardet et al., 1996)
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魚蝨感染症
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水、title="海水">海水
學名：Argulus foliaceus ; Argulus japonicus ; Argulus coregoni
病名(及俗名)：魚蝨感染症
最早發現者：
Argulus japonicus Thiele, 1900
Argulus foliaceus (Linnaeus), 1758
Argulus coregoni Thorell, 1865
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
魚蝨曾在17世紀時歐洲養殖的鱒魚及中國的 鯉魚發生過(Wilson,1902; Kabata,1985)。魚蝨在湖、河口及 海水鮭魚箱網都曾發生過且會造成死亡。在 鯉魚及金魚感染此病症後易繼發 黴菌及 細菌二次性感染，造成經濟上的損失(Shimura,1982a)。另外在1985年Ahne報告魚蝨亦為傳染SVC的媒介。Branchiurans亞綱裡，其蟲體型態為卵圓型，外層為 甲殼覆蓋。有一對 突出複眼，口器及觸角特化成勾型，有多刺的突起的吸盤，其構造是為了適應 寄生蟲生活。為了配偶及產卵，他們會離開宿主長達三個星期，然後在次附著魚的 鰓蓋內側，靠著黏液為生，然後蛻皮，或者是靠穿透 皮膚吸收內在養份為生。
人畜共通：非人畜共通
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卵圓鞭毛蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 半鹹水、 海水
學名： Amyloodinium ocellatum
病名(及俗名)：卵圓鞭毛蟲感染症(Amyloodiniasis)、絲絨病(Velvet disease)、銹病(Rust disease)、金粉症(Gold rust disease)
最早發現者：Brown, (1931)
ＯＩＥ狀況：非表列(Not Listed)
病原摘要：
卵圓鞭毛蟲 營養體以碟狀構造吸附於宿主，此碟狀構造具有一非常短的柄，且於吸盤的周圍有一圈 絲狀的假根可深入宿主的上皮細胞，ㄧ觸手狀的構造自細胞基底部延伸出，其功能尚未明瞭，細胞質缺乏葉綠粒但具有消化食泡及澱粉顆粒和多種特殊胞器， 營養體呈梨狀或卵圓狀，體長約150~350 um。
人畜共通：非人畜共通
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心形蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名： Chilodonella hexasticha
病名(及俗名)：Chilodonellosis, Chilodonelliasis, Warmwater Chilodonelliasis
最早發現者：(Kiernik, 1909) Kahl, 1931
ＯＩＥ狀況：非表列(Not listed)
病原摘要：
蟲體呈扁平狀，後緣具缺痕，背側成圓凸狀，腹側則為平坦狀，腹側的纖毛呈兩群，右側的纖毛群成拱狀且較左側長，由5-7個動基體(kineties)所構成，而左側的纖毛由7-9個動基體組成且較筆直。 具可伸縮口器，其構造明顯且位於腹側，具有ㄧ個大核位於背側接近蟲體的末端，小核成卵圓狀位於大核旁，具有許多消化食泡及2~3個伸縮液泡，其大小約為長33.6-47.6 um (平均40.3 u)寬23.0-44.2 um(平均33.0 um)具大型的核約7.8-13.3 um x 7.8-12.3 um，許多文獻提到其大小變化甚巨
人畜共通：非人畜共通傳染病
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毒藻；紅潮
水中有毒藻類過度繁殖造成其他的水中生物危害，一般稱為「紅潮」係泛指由單細胞浮游藻類過度生長引起一種水生現象，是一個通常用辭，可發生在全球各個國家地區的海洋、近海沿岸、海灣、 淡水及湖泊，其造成因素之一與人類活動，氮磷營養原之升高的污染有關，故河川滙入處之河口湖岸等也皆可發生，地球氣候變化水溫升高之聖嬰現象也會影響。科學家較喜歡用的名詞是藻華Algal bloom。
藻華形成時顏色並不都是紅色，依藻相和生長的密度，顏色從無大變化到綠色
、棕色，也可能粉紅色到紫色，有時呈暗濁。魚場之魚群不特定的會報告死亡疫情，藻類生長密度甚高時，對岸邊活動人類也會經由空氣吹散而致身體不適，游泳是安全的但可能會有 皮膚、黏膜的刺激。對水生動物之危害報告較一般性，1994在南非發生的赤潮導致數仟噸所有魚種及甲殼類的死亡，1987有研究學者報告座頭鯨等海洋哺乳動物因赤潮而大量死亡，日本瀨戶內海也曾有相似的漁業災情。因此研究人員較常用稱「Harmful algal bloom, HAB.」。
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白點病
1.病原概述
2.病原型別： 病毒
病原環境： 半鹹水、 淡水
學名：白點病病毒(white spot disease virus；WSDV)
病名(及俗名)：白斑症候群、白點病
最早發現者：Bonami et al.,1995
ＯＩＥ狀況：表列( listed)
病原摘要：
白點病是由白點病病毒 ( white spot disease virus；WSDV ) 所引起，根據國際病毒分類委員會 ( international committee of taxonomy of viruses；ICTV ) WSSV 屬於 nimaviridae 病毒科、 Whispovirus 病毒屬[10]，是一種雙股 DNA 病毒，病毒顆粒具有封套呈長桿狀，最寬部分為 70~150 nm，長度則為 250~380 nm，部分病毒顆粒的一端劇具有尾狀突起。病毒的核蛋白鞘直徑為 58~67 nm，長度則為 330~350 nm，其表面可見核蛋白鞘組成之次單位形成的特殊橫紋構造，與病毒之縱軸成垂直 [12,14]。
人畜共通：不會
3.病原分類
白點病毒 (white spot baculovirus ; WSBV) 屬於動物病毒中的桿狀病毒科 (Baculoviridae) 之桿狀病毒屬 (Baculovirus) 桿狀病毒科 (Baculoviridae)，是一種雙股 DNA 病毒[3]。
命名沿革：由於發病之病蝦， 甲殼明顯佈滿白色的斑點，因此台灣學者將此病症命名為白點症病毒 [5,12]。白點症病毒早期又稱為：白點症桿狀病毒 ( baculovirus associated with white spot syndrome / white spot ( associated ) baculovirus；WSBV ) [6,9,12]、白斑病毒 ( white spot disease virus；WSDV ) [13] 或第三非包容體性草蝦桿狀病毒 ( the third non-occluded baculovirus reported for Penaeus monodon；PmNOBIII )[12]。
疾病特性
感染組織及器官：
白點病病毒是一種系統性病原，其標的細胞遍佈蝦體全身器官，主要攻擊源自中胚層及外胚層的組織細胞，侵害之組織器官包括表皮、皮下組織、造血組織、類淋巴器官、 鰓、 胃、中腸之結締組織、 心臟、 肌肉、神經膠原細胞、 肝胰腺、綠腺及複眼等組織或器官皆有細胞核肥大，且核內構造消失，以及染色呈均質化之嗜鹼性包涵體出現，此外雌蝦之卵泡細胞及卵原細胞亦會遭受此病毒感染，因此親代所攜帶之病毒可能會經由垂直感染給子代 [5,12]。
白點症病毒具有水平及垂直兩種傳播途徑，垂直傳播途徑主要由病毒以附卵或經卵方式而傳染至子代；水平傳染途徑主要由養殖蝦與池水、水中其它多種帶原生物、病蝦等接觸而傳染 [8]。水平傳播甚至可藉由水流、帶原的池中生物、鳥類攜帶患病的病蝦或沾染發病池池水、發病池的水車所揚起的池水飛沫而藉著風力散佈至鄰近的養殖池 [5]。
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愛德華氏病 (鰻魚肝腎病)
病因： Edwardsiella tarda
症狀：迴旋態游動而死亡，並可見魚隻張口， 鰓蓋怒開、貧血。 皮膚病灶、鰓部蒼白、 眼睛腫大、黏液過度分泌， 鱗片糜爛及 潰瘍。肛門 腫脹及 出血。在甚 急性病例，常見魚體腹側 皮膚充血Meyer and Bullock 1973; Padros et al 2006)。輕微的病例中，僅見魚體後側部 皮膚有小病灶，約3–5 mm寬。隨這病程進展， 軀幹肌肉開始有膿瘍灶的發生，之後 膿瘍灶會快速變大，產生大型空腔並充滿氣體。病灶處常有色素的流失(Sahoo et al 1998)。切開這些 膿瘍灶，會有腐臭味。隨後魚體的後半身會失去控之能力。
魚種：幾乎所有 淡水及 海水魚均會感染。
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淡水性白點虫病
病原型別：原虫（protozoa）
病原環境： 淡水（freshwater）
學名： Ichthyophthirius multifiliis
病名（及俗名）：Ichthyophthiriasis, white spot disease
最早發現者：Kabate et al.（1985）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
成虫為球形或卵 圓形，大小為0.3～0.8×0.35～0.5cm，虫體表有分佈均勻的纖毛，胞口近於前端腹面，呈約6字形，虫體內具有１馬蹄形狀大核及1個球狀小核，胞質外層具有許多小伸縮泡和食物泡。幼虫呈卵形或橢 圓形，前端尖、後端圓，前端具有1個乳突狀鑽孔器，全身被有等長之纖毛、後端有1根粗而長的尾毛，大核呈卵形或橢 圓形、小核呈球形狀，一般在虫體前半部。
人畜共通：No
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柱狀病
1.病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 海水
學 名： Flexibacter columnaris
病名(及俗名)：爛鰓病
最早發現者：Davis (1922)
ＯＩＥ狀況： 未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性桿菌，無鞭毛但具運動能行滑走運動，菌體大小約0.3~0.5x3.5~12μm於半固體性培養基(Cytophaga media)上培養可產生 黃色或淡黃色且邊緣 不規則樹枝樣菌落。
人畜共通：否
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梭黴菌毒素中毒
1. Fusarium屬黴菌產生之毒素所造成之中毒，稱為 梭黴菌毒素中毒，梭黴菌的毒性代謝產物受其所寄生的物質之成分及所在環境的狀況影響。其對飼料的污染，經常是在飼料穀物生長的季節侵襲作物，也在飼料貯存及製成粒狀的過程寄生，當梭黴菌寄生在這些物質時，製造 梭黴菌毒素，主要為T-2毒素（12,13-epoxytrichothecen）。 鯉魚是對此毒素最敏感的魚種，其曝露72小時的致死劑量為每公斤體重0.46mg，虹鱒為6.1mg/kg。
2.症狀： 鯉魚口服T-2毒素致死劑量，表現出沈鬱、對刺激缺乏反應、呼吸加速、 體色變黑、 停止攝食，排泄出未消化的食物，後來被長條狀的白色粘液取代，魚隻 貼近水面喘氣，隨後運動失調、動作不協調，最後停止移動及死亡。
3.解剖病變： 體色變黑及鰓 水腫及大理石樣，體腔內的 血管嚴重地 充血， 實質器官的顏色及大小改變，消化道的粘膜 發炎，可見 點狀出血。若長期持續性地施予次致死濃度的T-2毒素加其他 梭黴菌毒素，會造成 鯉魚沈鬱、排泄出半消化的食物、 減少攝食，增重大幅度降低。（Svobodová & Ruprich, 1991）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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殼破損
病因： 外傷是造成殼破損的主因，有摔傷、踩踏傷害、汽機車或除草機的碰撞及狗的啃 咬傷等。
症狀：外觀上，殼明顯有破損或缺失的情形，偶有 出血的現象；嚴重者，可見內臟器官的暴露。
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