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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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奴卡氏菌症
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 海水
學名： Nocardia seriolae
病名(及俗名)：奴卡氏菌感染症
最早發現者：Kudo et al. 1988, sp. nov.
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陽性、細長 絲狀菌、Catalase陽性，因細胞壁含有分枝酸(mycolic acid)，所以染色具部份抗酸性。有些 魚類的奴卡氏菌感染病例常被誤認為是分枝桿菌感染，因為這兩者都會產生相似的臨床症狀及病理學變化。世界上首例 魚類的奴卡氏菌感染症是在霓虹燈魚上發現到的(Valdez and Conroy, 1962)。 Nocardia seriolae在人工養殖的黃尾魚(青魽鯵)及日本比目魚上被分離出來(Kudo et al., 1988)
人畜共通：非人畜共通
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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白點病
1.病原概述
2.病原型別： 病毒
病原環境： 半鹹水、 淡水
學名：白點病病毒(white spot disease virus；WSDV)
病名(及俗名)：白斑症候群、白點病
最早發現者：Bonami et al.,1995
ＯＩＥ狀況：表列( listed)
病原摘要：
白點病是由白點病病毒 ( white spot disease virus；WSDV ) 所引起，根據國際病毒分類委員會 ( international committee of taxonomy of viruses；ICTV ) WSSV 屬於 nimaviridae 病毒科、 Whispovirus 病毒屬[10]，是一種雙股 DNA 病毒，病毒顆粒具有封套呈長桿狀，最寬部分為 70~150 nm，長度則為 250~380 nm，部分病毒顆粒的一端劇具有尾狀突起。病毒的核蛋白鞘直徑為 58~67 nm，長度則為 330~350 nm，其表面可見核蛋白鞘組成之次單位形成的特殊橫紋構造，與病毒之縱軸成垂直 [12,14]。
人畜共通：不會
3.病原分類
白點病毒 (white spot baculovirus ; WSBV) 屬於動物病毒中的桿狀病毒科 (Baculoviridae) 之桿狀病毒屬 (Baculovirus) 桿狀病毒科 (Baculoviridae)，是一種雙股 DNA 病毒[3]。
命名沿革：由於發病之病蝦， 甲殼明顯佈滿白色的斑點，因此台灣學者將此病症命名為白點症病毒 [5,12]。白點症病毒早期又稱為：白點症桿狀病毒 ( baculovirus associated with white spot syndrome / white spot ( associated ) baculovirus；WSBV ) [6,9,12]、白斑病毒 ( white spot disease virus；WSDV ) [13] 或第三非包容體性草蝦桿狀病毒 ( the third non-occluded baculovirus reported for Penaeus monodon；PmNOBIII )[12]。
疾病特性
感染組織及器官：
白點病病毒是一種系統性病原，其標的細胞遍佈蝦體全身器官，主要攻擊源自中胚層及外胚層的組織細胞，侵害之組織器官包括表皮、皮下組織、造血組織、類淋巴器官、 鰓、 胃、中腸之結締組織、 心臟、 肌肉、神經膠原細胞、 肝胰腺、綠腺及複眼等組織或器官皆有細胞核肥大，且核內構造消失，以及染色呈均質化之嗜鹼性包涵體出現，此外雌蝦之卵泡細胞及卵原細胞亦會遭受此病毒感染，因此親代所攜帶之病毒可能會經由垂直感染給子代 [5,12]。
白點症病毒具有水平及垂直兩種傳播途徑，垂直傳播途徑主要由病毒以附卵或經卵方式而傳染至子代；水平傳染途徑主要由養殖蝦與池水、水中其它多種帶原生物、病蝦等接觸而傳染 [8]。水平傳播甚至可藉由水流、帶原的池中生物、鳥類攜帶患病的病蝦或沾染發病池池水、發病池的水車所揚起的池水飛沫而藉著風力散佈至鄰近的養殖池 [5]。
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畸形
Malformation( 畸形)之造成有先天性及後天性，於自然界中先天畸型之魚往往出生不久後，常因活力較弱容易死亡，之後魚隻會造成畸型因素仍多，如 營養素不均、外在環境、 溫度、病原感染，基因遺傳等諸多因素，但有許多畸型仍不知為何引起。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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殼破損
病因： 外傷是造成殼破損的主因，有摔傷、踩踏傷害、汽機車或除草機的碰撞及狗的啃 咬傷等。
症狀：外觀上，殼明顯有破損或缺失的情形，偶有 出血的現象；嚴重者，可見內臟器官的暴露。
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蜥蜴的骨骼肌肉系統疾病
病因：
細菌性
敗血性關節炎
骨髓炎
蜂窩性組織炎
肌肉炎
黴菌性
寄生蟲性
嚴重 寄生蟲感染，特別是 血液寄生蟲( 貧血)或是 胃腸道 寄生蟲(原蟲類或是蠕蟲類)
營養性
代謝性骨病(MBD)
營養性繼發性副 甲狀腺亢進(飲食中鈣質缺乏、飲食中鈣磷比不均衡、維生素D3不足[缺乏紫外線照射或飲食中維生素D3攝取不足])
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