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兩棲類壺菌感染症
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學名： Batrachochytrium dendrobatidis
病名(及俗名)：Infection with Batrachochytrium dendrobatidis. Chytridiomycosis or cutaneous chytridiomycosis. Amphibian chytrid fungus, frog chytrid fungus, frog chytrid.
最早發現者：Longcore et al. (1999)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
該 黴菌菌體外觀為球狀且表面 粗糙之游動孢子囊 (直徑為5-40 μm)並具有1個或數個排出管而排出管開口朝向 皮膚表面，排出具有感染力的孢子。游動孢子囊於生長期會行成”根狀樣”結構(假根)。游動孢子外觀亦為球形且表面 粗糙(直徑為3-5 μm)，其前端具一鞭毛，於 淡水中具運動性。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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馬特里病
病原型別：原生生物(protistan)
病原環境：海水
學名： Mikrocytos mackini
病名(及俗名)：Denman Island disease 或稱 Microcell disease of Pacific oyster.
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
Mikrocytos mackini 為一原生動物大小約2-4Mm，目前所知尚無其它strains (Farley 1988)，對於此病原於離開宿主後存活情形不祥，病原可經水而水平傳染。
人畜共通：No
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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錦鯉疱疹病毒
1.病原概述：
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 淡水
學名：
病名(及俗名)： koi herpesvirus disease (KHVD)
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
病毒之genome 大小約150Kbp到277-295Kbp 之間(Ishioka et al 2005)至少已有4個基因已被研究分別為 helicase、intercapsomeric triplex protein, DNA polymerase, 及 major capsid protein。基因上與 CyHV-1 及 CyHV-2 相近，但與, channel catfish virus virus ( Ictalurid herpesvirus: IcHV-1) 則較不相似。 病毒為二十面體、大小約80-120nm之間，具有被膜(envelope)( Perelberg et al 2003)。於血清學研究KHV 與CyHV-1 具有交叉反應(OIE 2006)。
人畜共通：No
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螯蝦瘟/小龍蝦瘟疫
病原概述
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學 名： Aphanomyces astaci
病名(及俗名)：Crayfish aphanomyciasis, La peste, Krebspest, Kraftpest.
最早發現者：Schikora 1906
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
小 龍蝦瘟疫(Crayfish Plague)是所有非北美洲來源 螯蝦的一種高度傳染性疾病，其病原為一種屬卵菌綱(Oomycetes)之 黴菌Aphanomyces astaci ，其生殖菌絲不分隔(節)，但具多分支，菌絲寬度約為7~9 µm，非人畜共通傳染病。
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增生性腎病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
病名(及俗名)：Proliferative kidney disease (PKD)
最早發現者：Kent and Hedrick (1985)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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迴旋病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名：Whirling disease
病名(及俗名)：
最早發現者：Hofer (1903)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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