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流行性造血組織壞死症
病因：Epizootic haematopoietic necrosis virus (EHNV)、European sheatfish virus (ESV)或European catfish virus (ECV)。 症狀：體色變暗、無活力、共濟失調、 魚種：紅鰭 鱸魚 (redfin perch, Perca fluviatilis)、虹鱒 (rainbow trout, Oncorhynchus mykiss)、 鯰魚 (Silurus glanis, Ictalurus melas)、澳洲麥氏鱸 (Macquarie perch , Macquaria australasica)、食蚊魚 (mosquito fish, Gambusia affinis)、 澳洲銀鱸 (silver perch, Bidyanus bidyanus)、山南乳魚 (mountain galaxias, Galaxias olidus)。
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流行性潰瘍症候群 (真菌性肉芽腫病)
病因： Aphanomyces invadans
症狀:是由 黴菌Aphanomyces invadans引起体表 潰瘍的疾病併發機會性病原Aeromonas hydrophila and A. sobria混合感染導致大量死亡.通常是季節性疾病感染 淡水魚和半鹼水魚
魚種：鯡魚 (menhaden) 等。
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腸紅嘴病
病因： Yersinia ruckeri。
症狀：遲鈍、厭食，嘴部、 口腔、峽部及鰭基部皮下、 鰓絲出血、 腹部擴張、 腹水。眼球 突出、眼窩及虹膜 出血、眼球破裂。體色變暗、獨游、活動力下降。
魚種：虹鱒 ( Oncorhynchus mykiss)、大西洋鮭魚 ( Atlantic salmon)、太平洋鮭魚 (Pacific salmon) 及非 鮭科魚類，如銀側美洲鱥 (Emerald shiner, Notropis atherinoides)、鰷魚 (fathead minnows, Pimephales promelas)，金魚 (Goldfish, Carassius auratus)，白鱒 (whitefish, Coregonus spp.)，比目魚 (turbot, Scophthalmus maximus)， 鱸魚鱸魚 (seabass, Dicentrarchus labrax) 及鯛魚 (seabream, Sparus auratus)。
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愛德華氏病 (鰻魚肝腎病)
病因： Edwardsiella tarda
症狀：迴旋態游動而死亡，並可見魚隻張口， 鰓蓋怒開、貧血。 皮膚病灶、鰓部蒼白、 眼睛腫大、黏液過度分泌， 鱗片糜爛及 潰瘍。肛門 腫脹及 出血。在甚 急性病例，常見魚體腹側 皮膚充血Meyer and Bullock 1973; Padros et al 2006)。輕微的病例中，僅見魚體後側部 皮膚有小病灶，約3–5 mm寬。隨這病程進展， 軀幹肌肉開始有膿瘍灶的發生，之後 膿瘍灶會快速變大，產生大型空腔並充滿氣體。病灶處常有色素的流失(Sahoo et al 1998)。切開這些 膿瘍灶，會有腐臭味。隨後魚體的後半身會失去控之能力。
魚種：幾乎所有 淡水及 海水魚均會感染。
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頭洞症
1.病原型別：原虫（protozoa）
病原環境： 海水、 淡水（marine、freshwater）
學名： Hexamita spp.（旋核六鞭毛虫； Spironucleus vortens, Paull & Matthews,2001）
病名（及俗名）：旋核六鞭毛症（Spironuclosis）或六鞭毛虫症（Hexamitosis）、頭洞症（Hole in the Head, HITH）
最早發現者： Spironucleus vortens（Amlacher 1970, Molanr 1974, Paull & Matthews, 2001, R）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
本病原可感染 淡水及 海水熱帶觀賞 魚類，本虫體基本形態與六鞭毛虫類似，其滋養體（trophozoite）外形呈延長虫體而體後端形成緊貼狀，具有2個香腸型之旋核，位於虫體鄰近頂部而在虫體前端部位形成為馬靴形複合物，虫體最前端部有一馬靴形上核纖維輪廓，二個相對狹窄外形之胞口，從胞口處之尾部 突出長鞭毛。在電子顯微鏡下，與六鞭毛虫主要區別為延長的虫體上具有明顯側複合物脊（lateral compound ridge）及 週邊脊（peripheral ridge）、虫體後部區於 週邊脊處具有精心渦捲（elaborate swirls）及每一鞭毛末端基部含有乳突狀構造（papilla），且第一鞭毛平展最末端含有一小球莖（small bulb）（R）。
人畜共通：No
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六鞭毛蟲症
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水、 淡水（marine、freshwater）
學名： Spironucleus salmonis n. comb Poynton et al. 2004, （ Octomitus salmonis sensu Moore 1922, Davis 1926）、（ Hexamita salmonis sensu Ferguson 1979）
病名（及俗名）：六鞭毛蟲症（Hexamitosis）、於2004發表更改為旋核六鞭毛蟲症（Spironucleosis）
最早發現者：Moore et al.（1922）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
具四對鞭毛，其中前鞭毛3對，後鞭毛1對，並形成軸桿。胞核1對，在蟲體前端呈八字排列，蟲體一般呈棃形、後端尖銳，無切口及胞口，軸桿的結構較複雜，由1對副原纖維的空管，其中包裹著後鞭毛，通過蟲體向後延伸，毛基體在胞核之前。後鞭毛沿著蟲體部份與胞質相連，成為軸桿。蟲體之滋養型態一般呈卵 圓形，兩側對稱，背腹扁平。滋養體在宿主 腸管內繁殖分裂，最後形成卵 圓形包囊， 包囊可在水中生活數天，最多7天。
人畜共通：No
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疱疹樣病毒病
1. 病原概述
病原型別：virus
病原環境：Sea Water
學名：herpes-like virus
病名(及俗名)：herpes-like virus
最早發現者：Chang et al. (2005)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
二十面體、大小約為100nm之 病毒顆粒，經鑑定為屬DNA 病毒之疱疹樣 病毒 (herpes-like virus)
人畜共通：非人畜共通
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藥物中毒
藥物使用不當不但造成魚隻藥物中毒且常引起藥物殘留問題，如92年中發生輸銷歐盟 吳郭魚被檢出藥物殘留(硝基夫喃代謝物)遭退運事件，輸日之活鰻含有磺胺劑、恩諾沙星(Enrofloxacin）及鰻、石斑魚含孔雀石綠（Malachite green）等事件，其相同結果為魚價應聲下跌。因此政府亦於中華民國96年8月29日於農防字第0961473107號中修正動物用藥品使用準則，水產動物用藥品使用規範。其內規定使用對象、用途、用法、用量、停藥期及使用上應注意事項。藥物使用並非絕對安全，於高劑量使用下常引發魚群之大量死亡，因此對於藥物毒性更應認知。
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魚類球蟲症
病原型別：原虫（Protozoa）
病原環境： 海水、半 淡水鹼水及 淡水（marine, brackish & fresh water）
學名：有多種球虫種類，目前文獻記載計有Cryptosporidium spp., Isospora spp., Octosporella spp., Calyptospora spp., Goussia spp., Crystallospora spp., Epieimeria spp., Eimeria spp., 計8種虫體，其中以艾美球虫（ Eimeria spp.）感染種類最多，依Duszynski et al., 2000報告，超過1300種艾美球虫，被感染約有500種變溫動物（包括 魚類、爬虫類及 兩棲類）。
病名（及俗名）： 魚類球虫症（Coccidiosis of fish、piscine coccidiosis）
最早發現者：Eimeria Schneider,（1875）；Goussia Labbe,（1896）；Octosporella Ray & Raghavachari,（1942）；Calyptospora Overstreet et al.,（1984）；Epieimeria Dykova & Lom,（1981）；Isospora, Schneider,（1881）；Crystallospora Labbe,（1899）；Cryptosporidium Tyzzen,（1907）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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膿疱症
形成 膿疱的原因多元，感染性的病原如 細菌、 黴菌、 寄生蟲及包埋於組織間的異物，這些病原或異物若未清除，會造成滲出液的堆積，堆積的滲出液則會刺激 纖維素性<的外鞘生成，最後堅硬的纖維性的外壁會包覆整個 膿疱。在 爬蟲類提供外源性病原入侵的通道包括 皮膚、消化道、或肺，一旦病原進入體內，便可藉由血行擴散至任何器官。
健康的 爬蟲類可以抵抗輕微的感染而無明顯的長期副作用，但在體質不佳的 爬蟲類則會造成危害，不良的飼養管理尤其是個指標。
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蛇副黏液病毒
病因：Ophidian paramyxovirus (OPMV)
family paramyxoviridae.
症狀：副黏液 病毒感染沒有病源特有的臨床症狀，此疾病主要影響呼吸系統，但出現的症狀變化相當大，因此在臨床上診斷相當困難。
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甲魚分枝桿菌
分枝桿菌症於爬行動物和兩棲動物是一古老的傳染病，通常分枝桿菌會造成 肉芽腫嚴重反應，但偶爾可由非 肉芽腫病變部位分離出 Mycobacterium spp.。
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大西洋鮭魚三代蟲症
為單殖類（monogenea）吸蟲、胎生。一般體長約為0.5mm，身體延長而背腹扁平，具1對頭器，每個頭器尖端有1小刺，咽喉兩側有一些單細胞頭腺，有腺管通到頭器並開口於體外。在蟲體後端面有1個圓盤狀後固著器，不具眼點，蟲體中央有1對錨鉤，兩錨鉤間背腹面各有1根連結棒；後固著器邊緣有排列整齊之16個邊緣小鉤；身體後半部有1個卵巢，卵巢前身體中部有1個膨大的子宮，子宮內有1個橢圓胚胎，胚胎內還有第二代或第三代胚胎，所以名為三代蟲，卵巢之後有1個精巢。
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