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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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殼病
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：Chitinolytic bacterial disease, Epizootic shell disease.
最早發現者：Malloy等(1978) 在 龍蝦發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
基丁質溶解革蘭氏陰性細菌及偽單孢菌( Pseudomonas), 弧菌( Vibrio) 及產黃桿菌科 ( Flavobacteriaceae)的細菌均被分離過。
人畜共通：否
2.病原分類
Pseudomonadaceae, Vibrionaceae, Flavobacteriaceae科， Cytophaga-，
Flavobacter 及 Alpha proteobacteria groups；Oceanobacillus，Staphylococcus屬.。
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馬特里病
病原型別：原生生物(protistan)
病原環境：海水
學名： Mikrocytos mackini
病名(及俗名)：Denman Island disease 或稱 Microcell disease of Pacific oyster.
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
Mikrocytos mackini 為一原生動物大小約2-4Mm，目前所知尚無其它strains (Farley 1988)，對於此病原於離開宿主後存活情形不祥，病原可經水而水平傳染。
人畜共通：No
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柏金絲病
病原型別：原生動物(protistozoa)
病原環境：海水
學名： Perkinsus marinus
病名(及俗名)：Dermo" Disease, Proliferative disease, Perkinsosis
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
Perkinsus marinus因具有一厚的細胞壁因此於外界相當穩定，但乾燥(dessication )、加氯處理(chlorination)及 UV 可使 Perkinsus marinus 不活化(Bushek et al 1997)。病原生活史中之任一階段皆可感染。
人畜共通：目前無法証實可感染人
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傳染性造血組織壞死症
病原型別：virus(病毒)
病原環境：fresh water or sea water(淡水或海水)
學名：
病名(及俗名)：
最早發現者：於1940-1950年間於北美太平洋岸區於幼鮭魚發生嚴重疫情，之後認定是感染IHNV(wolf 1988)
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
IHNV 病毒為 Novirhabdovirus 病毒外觀形狀為子彈樣(bullet shaped)，一般大小為長度約150-190nm間直徑約65-75nm(Roberts 2001)，為一negative-sense 單股RNA病毒，分子大小約11,000 個nucleotides 轉譯後具有6個病毒蛋白分別為 nucleoprotein (N), phosphoprotein (之前稱為 M1), a matrix protein (之前稱為 M2), glycoprotein (G), non-virion protein (NV), and 及 polymerase (L)。
病毒對熱(heat)、酸(acid)及 乙醚(ether)不穩定。但於淡水中至少可存活1個月，特別於水中富有有機物質(organic material)時會更穩定，一般之消毒劑或乾燥可不活化病毒(wolf 1988)。
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傳染性肌肉壞死病
病原型別：病毒(virus)
病原環境：主要於海水及半淡鹹水 (brackish and marine water)
病名(俗名)
最早發現者：2002年時於巴西第一次發生傳染性肌肉壞死病毒（Infectious Myonecrosis Virus, IMNV) 主要危害白蝦（南美白對蝦， L. vannamei）， IMNV 為一個全新的病毒(Lightner et al 2004; Poulos et al 2006) 之後於亞洲之印尼亦發生同樣疾病 (Senapin et al 2007)
OIE 狀況：listed under article 1.2.3. of the aquatic code
病原摘要：IMNV病毒顆粒為二十體直徑約40nm (fig. 1)，於離心下在cesium chloride之buoyant sensity密度為1.366g/mL，為雙股之RNA病毒其基因體為7,560bp。
人畜共通：無
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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傳染性鮭類貧血
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境：ISA 主要感染 海水養殖 魚類或曾與 海水接觸過之魚種，但Nylund 1998.研究結果指出，養殖於 淡水之魚種仍會被本 病毒感染。
學名：
病名(及俗名)：
最早發現者：報告於1984年在挪威 (Norway) 海水養殖之大西洋鮭魚(Atlantic salmon; Salmo salar L)感染本病(ISA)Thorud & Djupvik 1988。
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：ISAV不具被膜其顆粒大小約100-130nm。具有8段單股之RNA 病毒，ISAV 對UV相當敏感。(OIE 2006)，於pH 5以下不活化， 病毒可於 海水中存活超過20小時以上，於血液及腎組織中，6℃下存活4天 (Roberts 2003)。
人畜共通：無
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傳染性胰壞死症
1.病原概述
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 海水、 淡水、半淡鹹水 (Brackish Water, Marine 、freshwater)
學名：
病名(及俗名)：acute catarrhal enteritis
最早發現者：Wolf, snieszko et al 1960
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要： 病毒顆粒為二十面體，其大小約60nm(fig1)，具有兩段雙股RNA (bi-segmented double –stranded RNA)，由分離之 病毒之中和試驗 (neutralization tests)顯示，可區分成兩組無交叉反應之serogroups。主要之 病毒 strains 是屬於serogroup A，serogroup A 中最少可區分到9個serotypes，且毒力有明顯之差異。
病毒其有2條nucleotides，其較小為2,784bp 其encodes 為VP1，此與 病毒之RNA-dependent RNA polymerase 有關 (Dobos 1995)，
另一條其大小為3,097bp其 具有2個 overlapping open reading frames. 其一較短為一約17-kDa arginine-ric 之非結構性蛋白(VP5)，另一較長為一約 106-kDa 蛋白，其順序為NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH，其中VP2及VP3 皆為結構性蛋白(Villanueva 2004)。
人畜共通：無(No)
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考克斯體
病原概述
病原型別：立克次體
病原環境： 淡水
學名： Coxiella cheraxi
病名(及俗名)： 螯蝦考克斯體感染症Crayfish systemic rickettsiosis
最早發現者：Schaperclaus (1930)
ＯＩＥ狀況：未表列病原摘要：
為立克次體(Rickettsiae)，革蘭氏陰性菌，絕對細胞內寄生(Weiss & Moulder ，1984)。非人畜共通傳染病。
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氣泡病
病原概述
病原型別：非病原感染引起。
環境： 淡水、 海水環境皆會發生。
最早發現者：首由Gorham(1898)年提出(Roberts 2001)
ＯＩＥ狀況：未表列
摘要：氣泡病就是池水中含氮量、溶氧量或其它氣體過飽而引起 魚類氣體栓塞(gas embolism)的疾病。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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