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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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卵圓鞭毛蟲
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 半鹹水、 海水
學名： Amyloodinium ocellatum
病名(及俗名)：卵圓鞭毛蟲感染症(Amyloodiniasis)、絲絨病(Velvet disease)、銹病(Rust disease)、金粉症(Gold rust disease)
最早發現者：Brown, (1931)
ＯＩＥ狀況：非表列(Not Listed)
病原摘要：
卵圓鞭毛蟲 營養體以碟狀構造吸附於宿主，此碟狀構造具有一非常短的柄，且於吸盤的周圍有一圈 絲狀的假根可深入宿主的上皮細胞，ㄧ觸手狀的構造自細胞基底部延伸出，其功能尚未明瞭，細胞質缺乏葉綠粒但具有消化食泡及澱粉顆粒和多種特殊胞器， 營養體呈梨狀或卵圓狀，體長約150~350 um。
人畜共通：非人畜共通
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馬爾太蟲病
病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境：海水（seawater）
學名： Marteilia refringens
病名（及俗名）：馬爾太蟲病（Marteiliosis）、Aber病（Aber disease），由另一馬爾太蟲稱為雪梨馬爾太蟲（ Marteilia sydneyi）引發商品化囊形牡蠣（ Saccostrea glomerata）所產生的疾病稱為QX病（QX disease）；另外尚有 M. lenghei感染牡礪（Crassostrea cucullata）， M. christenseni感染（Scrobicularia piperata P）(R)等蟲體侵害養殖雙枚貝觳類之報導。
最早發現者：Grize et al.(1974)(R)
OIE現況：表列（Listed）
病原摘要：
主要感染歐洲牡蠣（European flat oyster, Ostrea edulis），引起牡蠣致死之原蟲，在感染宿主腸道及鰓上皮細胞形成（直徑5至8μm）之初級細胞或幹細胞（primary cell或stem cell），然後在宿主上皮細胞質之空泡內由初級單核細胞（primary uninucleate cell）分裂成二級單核子細胞（Secondary uninucleate darghter cell）經過一系列的增裂分裂形成直徑3.5至4.5μm，具感染性之孢子。(R)
人畜共通：No
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單倍體孢子蟲症
病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境：海水（marine）
學名：Haplosporidium nelsoni
病名（及俗名）：單孢子蟲症（Haplosporidiosis）、X多核球形症（multinucleate sphere X, MSX）、Delaware灣症（Delaware Bay disease）、太平洋牡蠣單孢子蟲症（Haplosporidiosis of Pacific oysters）
最早發現者：Hasskin et al.（1966）
OIE狀況：表列（Listed）
病原摘要：
本病原在寄生牡蠣生活史中，具有二種型態，一為多核原生質團（multinucleate plasmodia），大小直徑5至20μm，但有時可達50μm或超過100核；第二型態為具有抵抗性之孢子，由孢壁物質衍生之外蓋或孢壁衍生物之內緣掩蔽孢孔，孢子大小隨虫體品種不同而有差異，一般從4至12μm，且孢子外飾物（spore ornamentation）由孢壁衍生物緊緻包紮或孢子尾部組成，在掃描電子顯微鏡下可當分類之依據。
人畜共通：No
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尼氏單孢子蟲症
病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水（marine）
學名： Haplosporidium nelsoni
病名（及俗名）：單孢子蟲症（Haplosporidiosis）、X多核球形症（multinucleate sphere X, MSX）、Delaware灣症（Delaware Bay disease）、太平洋牡蠣單孢子蟲症（Haplosporidiosis of Pacific oysters）
最早發現者：Hasskin et al.（1966）
OIE狀況：表列（Listed）
病原摘要：
本病原在寄生牡蠣生活史中，具有二種型態，一為多核原生質團（multinucleate plasmodia），大小直徑5至20μm，但有時可達50μm或超過100核;第二型態為具有抵抗性之孢子，由孢壁物質衍生之外蓋或孢壁衍生物之內緣掩蔽孢孔，孢子大小隨虫體品種不同而有差異，一般從4至12μm，且孢子外飾物（spore ornamentation）由孢壁衍生物緊緻包紮或孢子尾部組成，在掃描電子顯微鏡下可當分類之依據。
人畜共通：No
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微囊蟲病
1.病原：
病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水（marine）
學名：Mikrocytos mackini
病名（及俗名）：微囊蟲病（Mikrocytosis）、丹名島病（Denman Islamd disease ）、太平洋牡犡微細胞病（Microcell disease of Pacific oyster）；另由魯夫來微囊虫（Mikrocytos roughleyi）所引發的疾病，稱為雪梨牡犡微細胞病（Microcell disease of Sydney rock oyster）、奧大利亞冬季病（Australian winter disease）。
最早發現者：Wolf & Elston（1988）
OLE狀況：表列（Listed）
病原摘要：
本病原在電子顯微鏡觀察下缺乏粒線體及單孢子體（haplosporosomes），微小細胞（2~4μm），非類球形外觀，在病原形態學上可分三種型態。
(1)靜止細胞（Quiescent cell, QC）：卵 圓形細胞核位於中央，含有少於7個嵴（seven cisternae）非活動性細胞核膜圍緣於高爾基體，具有少許泡狀及溶素樣體構造。
(2)泡狀細胞（Vesicular cell, VC）：含有許多具外膜或不具外膜之泡狀細胞構造，缺乏細胞核膜圍緣於類輻射狀排列之高爾基體，細胞核膜具有擴張型之嵴管室（cisternal chamber）。
(3)內體細胞（Endosomal cell, EC）：具有擴張性細胞核膜及生長良好吻合性內質網連結細胞核膜與漿膜，並具內體（endosomes）於細胞質中。
人畜共通：No
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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肺炎及下呼吸道感染
病因: 細菌， 病毒， 黴菌， 寄生蟲。
症狀:
陸龜的呼吸道感染症狀包括 沉鬱、 呼吸困難、伸長頸部張口呼吸、鼻分泌物(通常出現在上呼道疾病,較少出現於肺炎)、 脫水和發紺。在水龜可能在水中具肺炎的體側較重，會導致泳姿傾斜並減少待在水中的時間，蛇類 頭部可能貼著飼養箱的缸壁頂端幫助呼吸。
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燙傷
病因：與飼養環境中熱源如燈泡或加熱石的距離太近、接觸過久，或因熱源 溫度過高而造成 燙傷。
症狀：會導致 皮膚淺層至深層的傷害。
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蛇的呼吸道疾病
鼻分泌物/鼻炎、張口呼吸、 濕式或不 正常的呼吸音、聲門周圍或近端氣管內的分泌物。務必與 食道分泌物( 胃炎/腸炎)或口炎的分泌物區分清楚，有時可能同時發生。蛇會分泌 厚且高黏性的黏液，在其飼育的 空間中可發現一團團的黏液塊。蛇不大會咳嗽且氣管相當長，因此當有黏液卡住時是相當嚴重的，可能需要氣管灌洗。另外也會有 鼻孔阻塞及突然死亡情形。
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蜥蜴的呼吸系統疾病
病因：
病毒性
蛇副黏液 病毒(Ophidian paramyxovirus, OPMV)
細菌性
分枝桿菌(mycobacteria)
細菌性肺炎(尤其在水龍常見)
黴菌性
黴菌性肺炎
黴菌性胸膜炎
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