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二氧化碳中毒
水中二氧化碳的來源包括：於大氣自行擴散入水中、地下水的湧溶、有機物分解及微生物呼吸所排出的廢氣；而有機物的分解，可能是大多數池塘獲得CO 2的主要來源。而CO 2的散逸，在於植物行光合作用，產生碳酸鹽沉積，或再擴散進入大氣中及加入其他化學反應。（黃旭田，1994）
二氧化碳比氧氣更容易溶於水，它是以分子的狀態溶在水裏，只有10 %會形成碳酸H2CO3，這兩種形式稱為游離的CO 2（free CO 2），另外以離子形態存在的稱為固定的CO 2（fixed CO 2），即碳酸氫根離子及碳酸根離子（HCO3- and CO32-），他們是水之中和能力很重要的因子。CO 2在流水表面的量很少超過20-30 mg/L，但在靜止不動的水面，CO 2的量會形成分層，因為浮游生物行光合作用的吸收，使上層游離的CO 2比下層少，表層的CO 2全部被光合作用消秏掉，如此一來水中的 PH值會增加到8.3以上，通常地面下層的水每公升含有數十毫克游離CO 2。
CO 2對魚的作用不是直接的就是間接的，間接的作用是影響水的 PH值，而當游離的CO 2過多或缺乏時，直接有害的影響就發生了
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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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腸炎弧菌
病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 半鹹水， 海水、沈積物、海洋動物體表。
學名： Vibrio paraheamolyticus
病名(及俗名)：腸炎弧菌
最早發現者：Sakazaki（1963）
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：弧菌屬革蘭氏陰性彎曲短桿菌，可運動、具極鞭毛、不形成孢子、在端鞭毛無法作用下會於體側產生許多無鞘之側鞭毛，兼性厭氧、為 oxidase 反應陽性、嗜鹽性，環境中 NaCl 之含量低於 0.5 % 或高於 10% 均不能生長，對酸敏感但有耐鹼性，因此可在alkaline peptone water中培養，最適合之鹽濃度為 2-3 %，最適生長溫度為 37℃[5]。
人畜共通：是
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增生性腎病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
病名(及俗名)：Proliferative kidney disease (PKD)
最早發現者：Kent and Hedrick (1985)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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迴旋病
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 海水
學名：Whirling disease
病名(及俗名)：
最早發現者：Hofer (1903)。
ＯＩＥ狀況：非表列
人畜共通：非人畜共通
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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