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對蝦桿狀病毒症
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 淡鹹水及 海水
學名： Baculovirus penaei
病名(及俗名)：
最早發現者：最早由Couch(1974)、Summer(1977)發現。
OIE狀況：表列(Listed)。
病原摘要：
目前暫定於 Nucleopolyherdovirus屬。至少存在來至三個不同地域的 病毒株，(1) 美國大西洋東南海域及墨西哥沿岸及加勒比海(2)南、中及北美洲(3)夏威夷。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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線蟲感染症
1.病原概述
病原型別：寄生蟲
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水
學名：可參考Anderson’s system (Anderson RC, 2000)
病名(及俗名)：主要依感染種類及部位命名
最早發現者：歐洲淡水魚線蟲參考(Avdeev et al, 1987; Moravec 1994)；北美參考( Hoffman, 1999)；新熱帶區 (Moravec, 1998)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)。
病原摘要：
雌雄異體，大多數為卵生，少數為胎生。仔蟲須先被中間宿主（甲殼類）吞食，中間宿主再被魚類#(B01)#吞食才能完成寄生。若魚類為終宿主則在此完成生活史。若魚類僅為中間宿主，則僅被包被在魚體，必須再被其終宿主（鳥類、人類或另一種魚類）吞食才能完成生活史。所有魚種均會感染；宿主主要依線蟲的終宿主及中間宿主而定。具有特定宿主的線蟲(例如 Skrjabillanid genera)通常僅能感染某棲息地的魚種；具有廣泛宿主的線蟲(例如 Capillaria sp.)則可感染世界上許多地區的魚種。
人畜共通：有些寄生蟲，例如海獸胃線蟲( Anisakis)及Pseudo -terranova仔蟲會造成人畜共通傳染病。
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壞死性肝胰腺炎
1.病原概述
病原型別：細菌
病原環境： 淡鹹水及 海水
學名：壞死性肝胰腺炎細菌NHP bacterium (NHPB)
病名(及俗名)：壞死性肝胰腺炎、德州蝦池死亡症候群 Texas Pond Mortality Syndrome (TPMS)、 祕魯壞死性肝胰腺炎 Peru necrotizing hepatopancreatitis( PNHP)
最早發現者：最早由Frelier等 (1992)在美國德州太平洋白蝦養殖場發現。
OIE狀況：未表列(Not listed)。
病原摘要：
壞死性肝胰腺炎細菌為葛蘭氏陰性染色、多形性、胞內寄生的立克次體樣細菌，分散在於感染的肝胰腺細胞胞質內。本菌主要的型態為桿狀立克次體樣細菌 (0.25 x 0.9 um)，偶而以基底端含有八條鞭毛，頂端有一至二條鞭毛的螺旋體(0.25 x 2-3.5 um)出現。
人畜共通：非人畜共通傳染病
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牡蠣奴卡氏菌症
1.病原概述
病原型別：細菌
病原環境： 海水
學名： Nocardia crassostreae
病名(及俗名)：
Nocardiosis, Fatal inflammatory bacteraemia (FIB), Focal necrosis, Multiple abscesses, Summer mortality, Pacific oyster nocardiosis (PON).
最早發現者：最早由Friedman等 (1987)分離本菌。
OIE狀況：未表列(Not listed)。
病原摘要：
本菌 Nocardia crassostreae會引起太平洋牡蠣 Pacific oysters, Crassostrea gigas局部或全身疾病。本菌為好氣性生長、弱抗酸染色,、產生會分枝的不規則菌絲體； 肽聚醣 (peptidoglycan)含有meso-diaminopimelic acid ，利用arabinose 及 galactose 為主要醣源，46-58個碳原子組成的分枝菌酸、及G+C-rich 的核酸。依據部分165 rRNA gene序列分析，發現應該歸屬在 Nocardia otitidiscaviarum rRNA sub-group 下。本菌的標準株為NB4H (= ATCC 700418)。
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草蝦桿狀病毒症
1.病原概述
病原型別：病毒
病原環境： 淡鹹水及 海水
學名：Penaeus monodon baculovirus
病名(及俗名)：Spherical baculovirosis (Penaeus monodon-type baculovirus infection)
最早發現者：Lightner & Redman (1981)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
本病毒一般稱為Penaeus monodon baculovirus (MBV)，國際病毒分類學會暫時命名為singly enveloped nuclear polyhedrosis virus from Penaeus monodon( PmSNPV) ，位於Nucleopolyherdovirus屬。由於本病毒感染的宿主及地理分佈極廣，存在不同病毒株可能性極高。此點可由最近的發現印證，以東南亞MBV分離株所設計的PCR無法檢驗出由於非洲的MBV的分離株。
人畜共通：否
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水黴菌感染症
病原型別：黴菌
病原環境：淡水及淡鹹水
學名： Achlya屬 及 Saprolegnia屬
病名(及俗名)：Typical water mold infection，Saprolegniosis，Oomycete infection
最早發現者：最早由Tiffeney (1939) 發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
水黴菌是目前淡水及淡鹹水魚最常見的黴菌病原。主要病原來自卵菌綱(Class Oomycetes)、水黴菌目 ( Saprolegniales)、水黴菌科( Saprolegniaceae)下的綿黴菌屬( Achlya)及水黴菌屬( Saprolegnia)兩屬。水黴主要是一種利用腐敗有機質為食物的機緣性腐生病原。最常分離到的水黴菌為： Saprolegnia parasitica及 S. diclina。
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鰻魚凹凸病
1.病原概述
病原型別：寄生蟲
病原環境：淡水、淡鹹水及鹹水
學名：Pleistophora anguillarum
病名(及俗名)：Beko Disease
最早發現者： Hoshina(1951).在日本鰻發現本症。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：本孢子為長卵圓形，後部有個佔全長2/3長度的空泡。孢子大小為2.4 um x 7.8 um。
病原分類：
微孢子門 (Microspora)、微孢子目(Microsporida)、Pansporoblastina亞目、Pleistophora屬、anguillarum種。
別名：Plistophora anguillarum ，Heterosporis anguillarum
命名沿革：最早命名為Pleistophora anguillarum (1959)，後來Lom等(2000)依據超顯微結構建議改歸類於另一屬Heterosporis。
疾病特性：
（感染組織及器官：感染路徑、好發組織器官、宿主）
目前證實水平感染，主要感染日本鰻。人工感染，其感受性依次為鱸鰻（Anguilla mormorata）、日本鰻（Anguilla japonica）、美洲鰻（Anguilla rostrata）。本症主要感染橫紋肌。體液免疫方面，感染凹凸病原蟲後之日本鰻線在第 6週才有較明顯的抗體陽性
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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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亞硝酸中毒
亞硝酸通常伴隨著 硝酸及氨氮存在於水的表面，不過他們的濃度一般都很低，因為他們極不穩定，很容易氧化還原，最後分解為有機氮化合物，所以在水面及土壤中幾乎没有 亞硝酸，會造成污染，大多由於農場使用含氮的肥料或糞肥，沖刷到水體所致。（Svobodová, 1991）
另外在 淡水養殖場，亞硝酸中毒很容易發生在新建立的養殖系統，稱為新池症候群（New Tank Symdrome），因為新的養殖池中硝化細菌（Nitrobacter）尚未建立，養殖密度過高或過飼
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硫化氫中毒
硫化氫為具臭味的強毒性氣體，在自然的情況下，底泥的有機物質或被有機污染的水體中之蛋白質，經過厭氧性細菌分解產生硫化氫（H 2S），硫化氫在水中會解離成HS-及S 2-，其毒性依序為H 2S> HS ->S 2-，當水中的 PH值增加時，硫化氫的毒性會降低，因為未解離的強毒性的H2S變成毒性較低的HS-離子，在PH9時幾乎99%之硫化物以HS -的形式存在，PH7時HS -與H 2S以1：1的比例存在，但在PH5則幾乎99%為H 2S。（謝介士，1994）
硫化氫對魚類有很強的毒性，不同的魚種，其致死濃度範圍從0.4 mg/L（鮭鱒類）到4mg/L（歐洲 鯽魚、丁鱖及鰻魚）不等（Svobodová, 1991）。已有許多文獻報告，研究硫化氫對不同魚種的毒性作用。當藍鰓太陽魚曝露在0.04 mg/L 的H 2S下，其游泳的耐受力降低；即使H 2S的濃度在非常低的情況下，亦會傷害魚卵
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二氧化碳中毒
水中二氧化碳的來源包括：於大氣自行擴散入水中、地下水的湧溶、有機物分解及微生物呼吸所排出的廢氣；而有機物的分解，可能是大多數池塘獲得CO 2的主要來源。而CO 2的散逸，在於植物行光合作用，產生碳酸鹽沉積，或再擴散進入大氣中及加入其他化學反應。（黃旭田，1994）
二氧化碳比氧氣更容易溶於水，它是以分子的狀態溶在水裏，只有10 %會形成碳酸H2CO3，這兩種形式稱為游離的CO 2（free CO 2），另外以離子形態存在的稱為固定的CO 2（fixed CO 2），即碳酸氫根離子及碳酸根離子（HCO3- and CO32-），他們是水之中和能力很重要的因子。CO 2在流水表面的量很少超過20-30 mg/L，但在靜止不動的水面，CO 2的量會形成分層，因為浮游生物行光合作用的吸收，使上層游離的CO 2比下層少，表層的CO 2全部被光合作用消秏掉，如此一來水中的 PH值會增加到8.3以上，通常地面下層的水每公升含有數十毫克游離CO 2。
CO 2對魚的作用不是直接的就是間接的，間接的作用是影響水的 PH值，而當游離的CO 2過多或缺乏時，直接有害的影響就發生了
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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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魚類大量死亡
魚類大量死亡的定義為：「在野生魚類或養殖魚類，突然及非預警地發生大量死亡」稱之。通常這些事件會引起民眾的關心及媒體的注意，是由於大眾就認知上，認為是水污染所造成的，但事實上有許多不同的原因會引起魚類大量死亡，而且有極大的比例屬於自然事件。
常發生魚類大量死亡的魚種將近60種，包括軟體動物及甲殼類動物，其中最常發生的種類有鯡魚、鰻魚、 鯉魚及鱒魚，在 淡水及入海口的區域都會發生，好發於夏天，主要是因為夏天的 水溫高、 溶氧低的緣故。在澳洲新南威爾斯，過去
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黴菌中毒
黴菌中毒病是因為使用被 黴菌毒素或黴菌之有毒代謝產物污染的飼料，餵飼動物所造成的疾病。黴菌生長在死亡的植物基質上，黴菌中毒是由腐生生物群的黴菌：包括 Aspergillus屬、 Fusarium屬及其他屬的許多種別的黴菌所引起。（Svobodová & Ruprich, 1991） 黴菌毒素是黴菌二次性的代謝產物，可導致人類及動物發生疾病及死亡，由他們對藥理學上的活性，部分 黴菌毒素及黴菌毒素衍生物已經被發現且用在抗生素、生長促進劑及其他種類的藥物上，還有一些 黴菌毒素則應用在戰争的化學武器上，當飲食、吸呼、皮膚及其他曝露在有毒的黴菌代謝產物所發生的疾病，稱為黴菌中毒病（mycotoxicoses）。
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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櫻鱒病毒病
1.病原概述
病原型別：病毒
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水
學名：Oncorhynchus masou virus
病名(及俗名)： Oncorhynchus masou virus disease, OMVD, OMV
最早發現者：最早由Kimura 等(1981)發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
本病毒一般稱為 Oncorhynchus masou virus (OMV)，目前暫定於 Herpesviridae科。本病毒為具有封套、20面體、大小120-200 nm、 dsDNA病毒。本病毒抗原性與出現在美國西岸的herpesvirus of Salmonidae type 1(SalHV-1)不同。暫定為 Salmonid herpesvirus 2; SalHV-2。
人畜共通：否
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魚類立克次體症
1.病原概述
病原型別：細菌
病原環境： 淡水及海水
學名： Piscirickettsia salmonis
病名(及俗名)：Salmonid rickettsial septicemia (SRS), Coho salmon syndrome
最早發現者： Bravo等(1989).在智利發現本症，Fryer 等(1990, 1992)分離及正式命名。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：革蘭氏陰性、營養需求高、絕對魚類細胞質內生長的細菌。親緣關係上，它與Coxiella 及 Francisella 有些微親緣關係。.
命名沿革：最早由Fryer 等(1992) 命名 。
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偽單胞菌感染症
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水
學名： Pseudomonas fluorescens及 Pseudomonas anguilliseptica.
病名(及俗名)： 偽單胞菌敗血症Pseudomonad septicaemia ( P. fluorescens)，紅點病（赤點病）red spot disease 或 red pest ( P. anguilliseptica)。
最早發現者：Plehn (1924) 在鯉魚發現P. fluorescens。Wakabayashi (1972)在日本鰻發現P. anguilliseptica。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
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嘉魶虹彩病毒病
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水學名：Red sea bream iridovirus (RSIV)
病名(及俗名)：RSIV
最早發現者： Inouye 等(1992)發現RSIV。 He等（2001）發現ISKNV。
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
本病（Red sea bream iridoviral disease）由兩個病原引起：嘉魶虹彩病毒（Red sea bream iridovirus及傳染性脾臟與腎臟壞死病毒（infectious spleen and kidney necrosis virus , ISKNV）。
人畜共通：非人畜共通。
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殼病
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名：
病名(及俗名)：Chitinolytic bacterial disease, Epizootic shell disease.
最早發現者：Malloy等(1978) 在 龍蝦發現。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
基丁質溶解革蘭氏陰性細菌及偽單孢菌( Pseudomonas), 弧菌( Vibrio) 及產黃桿菌科 ( Flavobacteriaceae)的細菌均被分離過。
人畜共通：否
2.病原分類
Pseudomonadaceae, Vibrionaceae, Flavobacteriaceae科， Cytophaga-，
Flavobacter 及 Alpha proteobacteria groups；Oceanobacillus，Staphylococcus屬.。
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