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有機磷中毒
殺蟲劑的使用愈來愈多，不論是總量或範圍，目前殺蟲劑已經是魚類中毒的重要原因之一。養殖魚池常因水源為農田沖刷水或工業廢水，而受殺蟲劑污染，或因為養殖池為消除水中的植物和藻類使用除草劑及除藻劑，而造成水體的污染，導致對魚隻健康的危害。
殺蟲劑污染對養殖魚的影響，在低濃度的情況下，直接作用於魚體，其危害為長期且持續的，會傷害 魚苗早期的發育；間接的影響則是水中的浮游生物及水生植物死亡，腐敗分解需要消耗大量的氧氣，導致氧缺乏使魚隻窒息；另一個非常嚴重的間接影響是，以藻類及浮游生物為食物的魚隻，水體遭受殺蟲劑污染，結果造成魚隻天然的食物基礎徹底的破壞，許多微生物對有機磷殺蟲劑比魚本身還敏感，例如Soldep之LC 50在 鯉魚為545 mg/L，而對Daphnia magna 的LC 50只要0.0002-0.001 mg/L的濃度。
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傳染性皮下及造血組織壞死症
病原型別：病毒(virus)
病原環境：海水
學名：
病名(及俗名)：侏儒畸形症
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
IHHNV為二十面體大小約20-22nm之病毒，於超高速離心下，於CsCl 之等密度為1.40 g/ml，核酸為單股DNA 病毒其大小約4.1Kb (Nunan et al 2000)。具有4個genotype (OIE 2006)，但目前所知僅其中兩個genotype 可感染白蝦( Litopenaeus vannamei ) 及/或草蝦 ( Penaeus monodon )
人畜共通：無(No)
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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維他命 C缺乏症
魚類無法或僅能合成低量的維他命 C，因此極易於飼料添加不夠時缺乏。缺乏維他命C主要以兩種臨床症狀出現，一種為 骨骼系統的 變形；另一種為傷口癒合能力變差。主因維他命C是一種輔助因子(cofactor)，能水化proline成為hydroxyproline，而後者為組成膠原蛋白(collagen)的基本成分。膠原蛋白與 結締組織、骨基質、及斑痕組織形成均有密切關係。
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畸形
Malformation( 畸形)之造成有先天性及後天性，於自然界中先天畸型之魚往往出生不久後，常因活力較弱容易死亡，之後魚隻會造成畸型因素仍多，如 營養素不均、外在環境、 溫度、病原感染，基因遺傳等諸多因素，但有許多畸型仍不知為何引起。
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微孢子蟲感染
病原型別：原蟲
病原環境： 海水 淡水
學名：目前發現感染 魚類之微孢子蟲之種類相當繁多如本省發生於鰻魚凹凸病之 Heterosporis anguillarum (之前命名為 Pleistophora anguillarum)、 發生於 香魚(ayu)的 Glugea plecoglossi、發生於Salmonids 之 Loma salmonae 或發生於yellowtail 的 Microsporidium seriolae 等
病名(及俗名)：鰻魚凹凸病 (洪 1984)、beko disease (Egusa 1982)等。
最早發現者：Matsubayashi et al 1959 最早報告人感染微孢子蟲病例
ＯＩＥ狀況：非表列
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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