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亞硝酸中毒
亞硝酸通常伴隨著 硝酸及氨氮存在於水的表面，不過他們的濃度一般都很低，因為他們極不穩定，很容易氧化還原，最後分解為有機氮化合物，所以在水面及土壤中幾乎没有 亞硝酸，會造成污染，大多由於農場使用含氮的肥料或糞肥，沖刷到水體所致。（Svobodová, 1991）
另外在 淡水養殖場，亞硝酸中毒很容易發生在新建立的養殖系統，稱為新池症候群（New Tank Symdrome），因為新的養殖池中硝化細菌（Nitrobacter）尚未建立，養殖密度過高或過飼
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錨蟲感染症
1.病原概述
病原型別： 寄生蟲
病原環境： 淡水
學名：主要感染品種為 Lernaea cyprinacea
病名(及俗名)：錨蟲(anchor worms)，又稱箭蟲或針蟲
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：錨蟲為撓腳類之 寄生蟲可感染多種 淡水魚種，蟲體須經過metamorphosis 之後才會成蟲
人畜共通：No
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肝類臘質變性
本病多發生在集約式養殖型態，尤其在鮭鱒類，虹鱒特別容易發生。
1.病因：飼料中含過量的不飽和脂肪酸。
a.餵飼品質不良之飼料（例如腐敗含臭油味的魚粉及肉骨粉），飼料中含大量過氧化的不飽和脂肪酸，破壞魚體的Vit.A及E（尤其Vit. E為天然的強抗氧化劑，
在正常的情況下可保護細胞膜的脂肪酸）。
b.集約養殖的魚類，因過多的脂肪堆積於肝細胞，當不飽和脂肪酸大量增加時，由於缺乏生物的抗氧化劑，引發自體氧化作用（self-cxidation）而形成類臘質
（ceroid），類臘質為黃棕色的色素，堆積在肝細胞造成肝類臘質變性。
Ceroid最早在1941年於肝硬化的小白鼠發現，在H&E切片下，它是黃色顆粒
狀色素，其特性為：在石腊切片下為嗜蘇丹紅（sudanphilic）、抗酸性（acid-fast）、
嗜鹼性（basophilic）、等向性（isotropic）、鐵為陰性（iron negtive），為脂溶性，
不溶於水及酒精，以麥洛利氏血棕質染色（Mallory’s hemofuscin stain）及魏勾
德氏髓鞘染色（Weigert’s myelin stain）皆陽性，可還原鋨酸酐（Osmium tetroxide）
及碳酸二胺銀（diamine silver carbonate），但無法還原亞鐵氰化鐵（ferric
ferricyanide），格美林氏反應（Gmelin reaction）為陰性，於波長3650-3660Å可
見黃綠色螢光，在過甲酸或過碘酸（performic or periodic acid）氧化之後，不
論是否事先經澱粉糖化酵素消化，以席夫（Schiff）試驗測試醛類為陽性。（Wood
and Yasutake 1955）
2.症狀：發病魚隻呈深色的色素沈著、貧血及 停止攝食，結果導致病魚生長遲緩及高死亡率。
3.解剖病變： 肝臟腫大呈淺棕色， 膽囊充滿清澈的液體，腸管呈灰白色，腸壁變薄及鬆弛， 胃排空含少量透明白色液體，鰓呈明顯的貧血，此與血液相發生相當大的改變有關，因為紅血球數及血紅素減少所致。
4.組織病變：於肝細胞內可見ceroid，ceroid色素顆粒輪廓分明，分為兩種型態，
單一的小滴（single globules）或較為濔漫性的細小的顆粒狀（finely granular），
小滴型其抗酸性及各種染色性皆較強。（Wood and Yasutake 1955）
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螯蝦瘟/小龍蝦瘟疫
病原概述
病原型別： 黴菌
病原環境： 淡水
學 名： Aphanomyces astaci
病名(及俗名)：Crayfish aphanomyciasis, La peste, Krebspest, Kraftpest.
最早發現者：Schikora 1906
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
小 龍蝦瘟疫(Crayfish Plague)是所有非北美洲來源 螯蝦的一種高度傳染性疾病，其病原為一種屬卵菌綱(Oomycetes)之 黴菌Aphanomyces astaci ，其生殖菌絲不分隔(節)，但具多分支，菌絲寬度約為7~9 µm，非人畜共通傳染病。
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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疥癬症/外寄生蟲感染
蟎及壁虱等吸血節肢動物。蛇蟎或稱蛇虱（Snake mite; Ophionyssus natricis)為 爬蟲類最常見之蟎類。還有另外250種 蟎類可寄生於爬蟲動物。恙蟎（Trombiculid mite)之幼體期可感染爬蟲。另外總共有7個屬的壁虱可以感染爬蟲動物，硬蜱和 軟蜱皆可在蛇、蜥蜴和龜身上發現。其中 Ixodes, Hyalomma, Haemaphysallis, Amblyomma和 Aponomma屬的硬蜱曾在多種 爬蟲類被報告過。 Argasidae和Ornithodoros屬之 軟蜱可感染蛇、蜥蜴和龜。
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殼的淺層與深層潰瘍
病因：感染、 營養不良以及 外傷為最常見的原因。通常感染的主因可以區分 細菌性與 黴菌性的兩種。偶有發生健康水龜的病例，大都與飼養的環境水質不良有關。
症狀：病患呈現衰弱，精神、食慾不佳；背甲的殼顏色呈黃 褐色，且按壓時呈鬆 軟狀，甚至可能出現 膿瘍情形。
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