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硫化氫中毒
硫化氫為具臭味的強毒性氣體，在自然的情況下，底泥的有機物質或被有機污染的水體中之蛋白質，經過厭氧性細菌分解產生硫化氫（H 2S），硫化氫在水中會解離成HS-及S 2-，其毒性依序為H 2S> HS ->S 2-，當水中的 PH值增加時，硫化氫的毒性會降低，因為未解離的強毒性的H2S變成毒性較低的HS-離子，在PH9時幾乎99%之硫化物以HS -的形式存在，PH7時HS -與H 2S以1：1的比例存在，但在PH5則幾乎99%為H 2S。（謝介士，1994）
硫化氫對魚類有很強的毒性，不同的魚種，其致死濃度範圍從0.4 mg/L（鮭鱒類）到4mg/L（歐洲 鯽魚、丁鱖及鰻魚）不等（Svobodová, 1991）。已有許多文獻報告，研究硫化氫對不同魚種的毒性作用。當藍鰓太陽魚曝露在0.04 mg/L 的H 2S下，其游泳的耐受力降低；即使H 2S的濃度在非常低的情況下，亦會傷害魚卵
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黴菌中毒
黴菌中毒病是因為使用被 黴菌毒素或黴菌之有毒代謝產物污染的飼料，餵飼動物所造成的疾病。黴菌生長在死亡的植物基質上，黴菌中毒是由腐生生物群的黴菌：包括 Aspergillus屬、 Fusarium屬及其他屬的許多種別的黴菌所引起。（Svobodová & Ruprich, 1991） 黴菌毒素是黴菌二次性的代謝產物，可導致人類及動物發生疾病及死亡，由他們對藥理學上的活性，部分 黴菌毒素及黴菌毒素衍生物已經被發現且用在抗生素、生長促進劑及其他種類的藥物上，還有一些 黴菌毒素則應用在戰争的化學武器上，當飲食、吸呼、皮膚及其他曝露在有毒的黴菌代謝產物所發生的疾病，稱為黴菌中毒病（mycotoxicoses）。
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廻旋病
1.病原：廻旋病是由 腦碘泡蟲（ Myxobolus cerebralis）所引起的，為僅感染鮭鱒魚類的疾病，尤其是虹鱒及殺手鱒（rainbow trout & cutthroat trout）特別敏感。
a.分類： 腦碘泡蟲屬粘液孢子蟲門（Myxozoa），粘液孢子蟲綱
（Myxosporea），雙殼目（Bivalvulida），碘泡蟲科（Myxobolidae），碘泡蟲屬
（Myxobolus）（黃旭田，1994）。碘泡蟲之孢子呈卵形或橢圓形，扁平，前端有2個極囊（polar capsule），每個極囊內含有纏繞成螺旋狀的極絲（polar filaments，直徑50 nm），極囊的開口有一個蓋子蓋住，當受到外界的刺激時，極絲自極囊射出，孢質（sporoplasm）中含有一個嗜碘泡（iodinophil）及二個胚核（amoebula nucleus）。（Grabda, 1991）（參下圖）
b.繁殖：可分為三期：
(a)芽胞性生殖（sporogony）：在有性生殖期之後立即發生，由無性生殖所組成，產生大量的生殖芽胞（sporozoites）。
(b)裂體生殖（schizogony）：生殖芽胞發展成另一個無性生殖，為無卵核發育merogony）又稱為裂體生殖。
(c)有性生殖（gametogamy or gametogony）：裂殖體可變成配子，進行有性生殖，為有性生殖期。
c.生活史： 腦碘泡蟲的生活史非常複雜，需要有二個宿主，一是貧毛類蠕蟲tubifex（ Tubifex tubifex），另一個宿主是鮭鱒類魚類：
(a)tubifex蟲：它是蚯蚓的近親，非常小，長度大約只有1/2英吋，居住在湖泊或溪流的底泥中，很廣泛地分佈在全世界。在寄生蟲的生活史當中，其發育成各種型態，其中二個感染的孢子型態稱為粘液孢子（myxospore）及放線孢子（actinospore），即triactinomyxon（TAM），myxospore很小，呈圓形，當感染的魚隻死亡腐敗，myxospore釋出被tubifex蟲攝入，在tubifex蟲的腸內很快地複製，變成另一形式的孢子TAM，TAM從tubifex蟲釋出進入水體，當接觸到具感受性的魚類時，侵入魚體內。
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毒藻；紅潮
水中有毒藻類過度繁殖造成其他的水中生物危害，一般稱為「紅潮」係泛指由單細胞浮游藻類過度生長引起一種水生現象，是一個通常用辭，可發生在全球各個國家地區的海洋、近海沿岸、海灣、 淡水及湖泊，其造成因素之一與人類活動，氮磷營養原之升高的污染有關，故河川滙入處之河口湖岸等也皆可發生，地球氣候變化水溫升高之聖嬰現象也會影響。科學家較喜歡用的名詞是藻華Algal bloom。
藻華形成時顏色並不都是紅色，依藻相和生長的密度，顏色從無大變化到綠色
、棕色，也可能粉紅色到紫色，有時呈暗濁。魚場之魚群不特定的會報告死亡疫情，藻類生長密度甚高時，對岸邊活動人類也會經由空氣吹散而致身體不適，游泳是安全的但可能會有 皮膚、黏膜的刺激。對水生動物之危害報告較一般性，1994在南非發生的赤潮導致數仟噸所有魚種及甲殼類的死亡，1987有研究學者報告座頭鯨等海洋哺乳動物因赤潮而大量死亡，日本瀨戶內海也曾有相似的漁業災情。因此研究人員較常用稱「Harmful algal bloom, HAB.」。
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縧蟲感染症
病原：縧蟲（Cestoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 海水（marine、brackish & freshwater）
學名：例︰
(1)廣節裂頭縧蟲（ Diphyllobothrium latum）
(2)腸舌狀縧蟲（ Ligula intestinalis）
(3)鱊頭槽縧蟲（ Bothriocephalus acheilognathi）
(4)九江頭槽縧蟲（B. gowkongensis），同義於(3)之命名
(5) 其他縧蟲（Other cestodes）
病名（及俗名）：(1)鱊頭槽縧蟲稱為亞洲魚縧蟲（Asian fish tapeworm）或錦鯉縧蟲（Koi tapeworm）
(2)腸舌狀縧蟲稱為舌狀縧蟲病（Ligulosis）
最早發現者：例︰
(1)腸舌狀縧蟲 ( L. intestinalis )；Linnaeus 1758, Gmelin, 1790.
(2)鱊頭槽縧蟲 ( B. acheilog nathi ), Yamaguti, 1934.
(3)廣節裂頭縧蟲 ( D. latum ), Linnaeus, 1758.
OIE狀況：未表列（Not Listed）
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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膿疱症
形成 膿疱的原因多元，感染性的病原如 細菌、 黴菌、 寄生蟲及包埋於組織間的異物，這些病原或異物若未清除，會造成滲出液的堆積，堆積的滲出液則會刺激 纖維素性<的外鞘生成，最後堅硬的纖維性的外壁會包覆整個 膿疱。在 爬蟲類提供外源性病原入侵的通道包括 皮膚、消化道、或肺，一旦病原進入體內，便可藉由血行擴散至任何器官。
健康的 爬蟲類可以抵抗輕微的感染而無明顯的長期副作用，但在體質不佳的 爬蟲類則會造成危害，不良的飼養管理尤其是個指標。
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泄殖腔脫垂
主要是由於刺激性的原因造成器官及 肌肉過度用力，像是腸炎、膀胱 結石和 便秘而發生； 神經功能不足；陰莖或 半陰莖會因感染、以探針判別性別時、以及在交配時強行分開而脫出；雌性 輸卵管會因卵滯症及造成裡急後重的原因而脫出；膀胱會因為膀胱炎或 結石而脫出；結腸主要是因為裡急後重的用力、便祕、 細菌性及 寄生蟲性的腸炎而造成。
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包涵體病
病因: family Retroviridae。
症狀: IBD沒有特殊的臨床症狀，任何蚺科蛇類出現 急性的 神經症狀或
是 慢性漸進性的衰弱就可懷疑是IBD的感染，特別在 蟒科。
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代謝性骨病
病因:
不均衡的 營養以及不正確的飼養管理所造成。最常見的就是長期缺鈣或維生素D3，不 正常的飲食鈣磷比(磷過高或曝曬於紫外線的時間不足。
症狀:
長骨及 下顎骨變 厚和 腫脹、長骨和 脊椎的病理性 骨折、肩胛骨水平翻轉、強直痙攣、過度反射、泄殖腔脫垂、厭食、不能走動和生長停滯。
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蛇副黏液病毒
病因：Ophidian paramyxovirus (OPMV)
family paramyxoviridae.
症狀：副黏液 病毒感染沒有病源特有的臨床症狀，此疾病主要影響呼吸系統，但出現的症狀變化相當大，因此在臨床上診斷相當困難。
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肺炎及下呼吸道感染
病因: 細菌， 病毒， 黴菌， 寄生蟲。
症狀:
陸龜的呼吸道感染症狀包括 沉鬱、 呼吸困難、伸長頸部張口呼吸、鼻分泌物(通常出現在上呼道疾病,較少出現於肺炎)、 脫水和發紺。在水龜可能在水中具肺炎的體側較重，會導致泳姿傾斜並減少待在水中的時間，蛇類 頭部可能貼著飼養箱的缸壁頂端幫助呼吸。
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殼破損
病因： 外傷是造成殼破損的主因，有摔傷、踩踏傷害、汽機車或除草機的碰撞及狗的啃 咬傷等。
症狀：外觀上，殼明顯有破損或缺失的情形，偶有 出血的現象；嚴重者，可見內臟器官的暴露。
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兩爬類的尾部傷害
病因: 造成尾部 缺損的原因包括先天性缺陷，物理性創傷，感染性疾病，代謝性疾病及自割行為。
症狀: 兩爬類的尾巴有社交信號，平衡，游泳等功能，尾部 缺損可能影響身體部分 正常動作的執行甚至尾部 癱瘓。
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心水病
病因：
Ehrlichia ruinantium
帶原者為 Amblyomma屬的壁蝨。
症狀：
反芻獸：食慾不振，發燒，常又呼吸症狀及 神經症狀。
爬蟲類(感染壁蝨)：厭食、 脫水、 皮膚炎、搔癢、敗血症或無明顯症狀。
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蛙壺菌
病因：蛙壺菌Chytrid fungus ( Batrachochytrium dendrobatidis)
感染
症狀：耗弱、厭食、 腹部膨大、體色暗沈、姿勢及反射 異常及 神經症狀等非特異性症狀以及 腹部及後肢內側 皮膚呈現局部區域 潮紅、有時表面有 白色黏液包覆。
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鱷魚的西尼羅河病毒感染
病因：西尼羅河 病毒感染。
症狀：繞圈游泳,歪頭, 肌肉震顫,耗弱,厭食。
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鯉痘
鯉痘是一種良性的表皮 增生的疾病。可能是最早被發現的魚的 病毒性疾病，大約在四百年前即被發現。其最典型的症狀即為體表表皮的良性 增生，而形成 白色或乳 白色或灰 白色略為光亮且堅硬的，體表凸出的乳凸瘤(papilloma)。乳頭瘤是從 皮膚表皮的 上皮細胞 增生而來，不會轉移也沒有侵入性，但是在嚴重乳頭瘤 增生的魚也會看到 生長遲緩及 消瘦的現象。組織切片下可以看到表皮(epidermis) 的 增生，形成皺褶狀。也可見到核內包含體，被感染的核中央的染色質 (chromatin) 消失，遷移至核邊緣，形成空泡樣的核病變 (Calle et al., 1999)。
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