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氨中毒
1.病因：Ammonia污染水路、池水及湖泊，可能經由有機及無機二種來源，有機的途徑包括：公眾的污水系統、局部及大規模的農業污染，水中 硝酸鹽及 亞硝酸鹽等的生物化學還原作用；而無機的途徑則包含：氣體工廠及植物煉碳廠及發電廠等之工業廢水。
在水中ammonia是以未解離氨（NH3）及解離氨（NH4+）兩種形式存在，其比例與 水溫及 PH值有很大的關聯，其毒性的作用因NH3非常容易通過組織的障壁，所以對魚的毒性很高，又氨對 腦有特別的親和性
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黃麴毒素中毒
黃麴毒素中毒是由於動物對於黴菌中的黃麴菌屬 、Aspergillus parasiticus等之代謝產物的毒力作用具有感受性的一種疾病，這些黴菌在含的油質的植物上生長得最好；黃麴毒素的產生與黴菌生長一樣，受到飼料保存場所的一些環境因素影響（濕度、溫度及其他）；黃麴毒素為高耐熱性，可抵擋300℃的高溫，黃麴毒素有好幾種，其中以aflatoxin B1毒性最強。
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偽單胞菌感染症
病原型別： 細菌
病原環境： 淡水、 淡鹹水及 海水
學名： Pseudomonas fluorescens及 Pseudomonas anguilliseptica.
病名(及俗名)： 偽單胞菌敗血症Pseudomonad septicaemia ( P. fluorescens)，紅點病（赤點病）red spot disease 或 red pest ( P. anguilliseptica)。
最早發現者：Plehn (1924) 在鯉魚發現P. fluorescens。Wakabayashi (1972)在日本鰻發現P. anguilliseptica。
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
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親水性產氣單胞菌
病原型別： 細菌
病原環境：淡 海水皆會發生
學名： Aeromonas hydrohlila
病名(及俗名)：motile Aeromonas spp., red fin disease
最早發現者：Schaperclaus (1930)
OIE狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
Aeromonas hydrophila為革蘭氏陰性桿菌，因具有極性的單鞭毛，使其具有移動性。此種 細菌的直徑大小為0.3-1.0μm，長度為1.0-3.5μm，不具芽孢及莢膜。理想生長溫度為28℃，但於37℃下亦可生長。於培養基上的生長菌落顏色介於 白色至淡 粉紅色，圓型凸面且邊緣明顯。
人畜共通：人畜共通傳染病
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鏈球菌感染症
病原型別：細菌( bacteria)
病原環境：主要於淡水或半淡鹹水(brackish water and freshwater), 但偶於海水環境。
學名：主要病原有 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiae and Lactococcus garvieae 等
鏈球菌感染症最早發生於1957年地點在日本養rainbow trout (Hoshina et al. 1958). 之後陸續多種魚種後其感染含 salmon, mullet, golden shiner,pinfish, eel, sea trout, tilapia, sturgeon, and striped bass 等 (Inglis et al. 1993)。
.於本省可感染多種養殖魚種如金目鱸giant seaperch ( Lates calcarifer) 、吳郭魚tilipia( Tilapia nilotica x Tilapia aurea)、午仔striped thread fish ( Polydactylus plebeius)、及海鱺cobia ( Rachycetron canadum) 烏魚mullet及條紋鱸等魚種。
國外發生魚種鏈球菌感染症於報告中常發生於較高水溫 (Nguyen et al. 2001)，此情行與本省南部養殖魚類鏈球菌感染症常發生於夏季高水溫之情形相似
病原摘要：
OIE 現：未表列(Not listed)
人畜共通：人畜共通 (如 Streptococcus iniae， Streptococcus agalactiaer 皆有感染人之病例)
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鮭弧菌
1.病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 海水
學名： Vibrio salmonicida
病名(及俗名)：冷水弧菌病（coldwater vibriosis）或Hitra disease
最早發現者：Egidius et al.1981
OIE狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
革蘭氏陰性彎曲短桿菌，大小1.2～2.6×0.5μm，具運動性、極鞭毛、不形成孢子、兼性厭氧，oxidase及catalase反應陽性，但不具產生citrate、H 2S、urease、indole、arginine dihydrolase、gelatin、lysine decarboxylase、ornithine decarboxylase、β-galactosidase和voges-proskauer的能力。本菌具嗜鹽性及嗜冷性，在含0～4％(w/v)氯化鈉的條件下可生長，而於含7％(w/v)氯化鈉的條件下無法生長，另可在低於1℃的溫度下生長，最適合的生長溫度為15℃左右，而無法在37℃生長。對vibriostatic agent O/129敏感，但對 novobiocin 不敏感，可在海水中存活超過14個月[3,6]。
人畜共通：否
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白鱘虹彩病毒症
1.病原概述
病原型別： 病毒
病原環境： 淡水
學名： White sturgeon iridovirus
病名(及俗名)：白鱘虹彩病毒症
最早發現者：Smail and Munro(1989)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not listed)
病原摘要：
虹彩病毒的感染，依照國際病毒分類委員會 (International Committee on Taxonomy of Virus, ICTV) 在2004年的分類下，可分成5個屬，分別是：1. 虹彩病毒屬 ( Iridovirus)：主要感染無脊椎之昆蟲，代表株為Chilo iridescent virus。2. 綠虹彩病毒屬 ( Chloriridovirus)：主要寄主為蚊蟲類，代表株為Mosquito iridescent virus。3. 蛙病毒屬 ( Ranavirus)：主要寄主為兩棲類，代表株為frog virus 3。4. 淋巴囊腫病毒屬 ( Lymphocystisvirus)：主要感染魚類，造成淋巴囊腫及皮膚結節，代表株為Lymphocystic disease virus flounder isolate。5. Megalocytivirus：主要感染魚類，代表株為 Infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV)；Grouper iridovirus of Taiwan (TGIV)；Red seabream iridovirus (RSIV)。WSIV暫時性的被分類於 Megalocytivirus中，缺乏更充分的證據進行更精確的分類。
本病毒呈對稱正二十面體，直徑262-290nm，內殼直徑為184nm，內外殼都具有封套，內含線型雙股DNA(linear dsDNA)，病毒顆粒於細胞質內合成，基因大小為170-200kb。病毒只能於10-20℃下, 白鱘細胞株中生長。
WSIVD與淋巴囊腫病(LDV)皆為局限性組織疾病，但仍有不同特性，故須作區分。
人畜共通：No
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魚波豆蟲症（口絲蟲症）
1.病原型別：原蟲（protozoa）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine, brackish ＆ freshwater）
學名： Ichthyobodo necator= Costia necatrix
病名（及俗名）：魚波豆蟲症（Ichthyobodosis）、口絲蟲症（costiosis）、
昏睡病（sleeping disease）
最早發現者：Henneguy LF（1883）
OIE狀況：未表列（Not Listed）
病原摘要：
蟲體大小為5.5-11.5×3.1-8.6µm，當離開宿主的個體正面呈卵形，在一邊有一條鞭毛溝。溝的前端有1個由2個基粒組成的生毛體，由此向後生出2條鞭毛。蟲體中部有一個 圓形胞核，核中央有顯著的核內體。蟲體側面觀略似湯匙樣形態，寄生於宿主表皮細胞上的蟲體，略似棃形，前端略細呈吸盤狀，並生出指狀突起插入宿主上皮細胞，此時則不易見到鞭毛。
人畜共通：No
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錦鯉疱疹病毒
1.病原概述：
病原型別： 病毒(virus)
病原環境： 淡水
學名：
病名(及俗名)： koi herpesvirus disease (KHVD)
最早發現者：
ＯＩＥ狀況：表列(Listed)
病原摘要：
病毒之genome 大小約150Kbp到277-295Kbp 之間(Ishioka et al 2005)至少已有4個基因已被研究分別為 helicase、intercapsomeric triplex protein, DNA polymerase, 及 major capsid protein。基因上與 CyHV-1 及 CyHV-2 相近，但與, channel catfish virus virus ( Ictalurid herpesvirus: IcHV-1) 則較不相似。 病毒為二十面體、大小約80-120nm之間，具有被膜(envelope)( Perelberg et al 2003)。於血清學研究KHV 與CyHV-1 具有交叉反應(OIE 2006)。
人畜共通：No
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梭黴菌毒素中毒
1. Fusarium屬黴菌產生之毒素所造成之中毒，稱為 梭黴菌毒素中毒，梭黴菌的毒性代謝產物受其所寄生的物質之成分及所在環境的狀況影響。其對飼料的污染，經常是在飼料穀物生長的季節侵襲作物，也在飼料貯存及製成粒狀的過程寄生，當梭黴菌寄生在這些物質時，製造 梭黴菌毒素，主要為T-2毒素（12,13-epoxytrichothecen）。 鯉魚是對此毒素最敏感的魚種，其曝露72小時的致死劑量為每公斤體重0.46mg，虹鱒為6.1mg/kg。
2.症狀： 鯉魚口服T-2毒素致死劑量，表現出沈鬱、對刺激缺乏反應、呼吸加速、 體色變黑、 停止攝食，排泄出未消化的食物，後來被長條狀的白色粘液取代，魚隻 貼近水面喘氣，隨後運動失調、動作不協調，最後停止移動及死亡。
3.解剖病變： 體色變黑及鰓 水腫及大理石樣，體腔內的 血管嚴重地 充血， 實質器官的顏色及大小改變，消化道的粘膜 發炎，可見 點狀出血。若長期持續性地施予次致死濃度的T-2毒素加其他 梭黴菌毒素，會造成 鯉魚沈鬱、排泄出半消化的食物、 減少攝食，增重大幅度降低。（Svobodová & Ruprich, 1991）
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鰻弧菌
1.病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 半鹹水， 海水、沈積物、海洋動物體表。
學名： Vibrio anguillarum
病名(及俗名)：鰻魚紅斑病
最早發現者：Hofer. (1904)
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：弧菌屬革蘭氏陰性彎曲短桿菌，可運動、具極鞭毛、不形成孢子、兼性厭氧、為 oxidase 反應陽性、嗜鹽性，適合於30℃，1.5% NaCl 的環境中生長[5]。
人畜共通：是
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腸炎弧菌
病原概述
病原型別： 細菌
病原環境： 半鹹水， 海水、沈積物、海洋動物體表。
學名： Vibrio paraheamolyticus
病名(及俗名)：腸炎弧菌
最早發現者：Sakazaki（1963）
ＯＩＥ狀況：未表列(Not Listed)
病原摘要：弧菌屬革蘭氏陰性彎曲短桿菌，可運動、具極鞭毛、不形成孢子、在端鞭毛無法作用下會於體側產生許多無鞘之側鞭毛，兼性厭氧、為 oxidase 反應陽性、嗜鹽性，環境中 NaCl 之含量低於 0.5 % 或高於 10% 均不能生長，對酸敏感但有耐鹼性，因此可在alkaline peptone water中培養，最適合之鹽濃度為 2-3 %，最適生長溫度為 37℃[5]。
人畜共通：是
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單殖類吸虫感染症
病原：吸蟲（Trematoda）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：單殖類吸虫（monogeneans）有有數千種類主要感染養殖及野生 海水及 淡水魚體之 鰓部、 皮膚及各鰭部，有些品種可寄生兩棲龜類之 口腔與膀胱，有極少數種屬則寄生於 魚類胃腸及 體腔，如寄生於慈鯛 魚類Etroplus suratensis 胃中的腸環虫（ Enterogyrus spp.）或寄生於義大利菱 鯛科Caproidae 魚類胃中的副雙絞穴虫（ Paradiplectanotrema spp.）。另有一種單殖類感染頭足類（cephalopods， 軟體動物），另有一品種（ Oculotrema hippopotami）感染河馬（hippopotamus） 眼睛；同樣有少數屬種寄生於 淡水魚虱上的後環指虫（ Metagrodactylus spp.）；故其學名無法統一描述，以下將重要常見 海水及 淡水單殖類吸虫陳述於後。
病名（及俗名）：單殖類吸虫感染症（momgeneans infestation）
最早發現者：人類所發現第一種單殖吸虫是Muller在1770於丹麥 Hippoglossus vulgaris魚體上發現，當時以為是一種水蛭，並命名為 Hirudo hippoglossi ；直到1818年，才由Blainville訂正，命名為內吸虫（ Entobdella hippogossi）。
OIE狀況：有一種單殖類 大西洋鮭魚<三代虫（ Gyrodactylus salaris.）
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複殖類感染症
病原型別：吸蟲綱複殖吸蟲（digenean）
病原環境： 海水、半淡鹼水及 淡水（marine、brackish & freshwater）
學名：複殖吸虫種類繁多，約有140餘科1,400多屬，萬種以上，佔吸蟲綱的大部份。本章元只能擇其重要性，並造成人畜共通的病原，作為介紹。
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隱孢子蟲症
病因：隱孢子蟲(Cryptosporidium.spp)感染，確認可感染的爬蟲的為 Cryptosporidium.serpentis
症狀：食慾精神低下及厭食，蛇類在進食後持續或週期性的發生 嘔吐或反逆症狀，可能嘔出未消化的食物。
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大西洋鮭魚三代蟲症
為單殖類（monogenea）吸蟲、胎生。一般體長約為0.5mm，身體延長而背腹扁平，具1對頭器，每個頭器尖端有1小刺，咽喉兩側有一些單細胞頭腺，有腺管通到頭器並開口於體外。在蟲體後端面有1個圓盤狀後固著器，不具眼點，蟲體中央有1對錨鉤，兩錨鉤間背腹面各有1根連結棒；後固著器邊緣有排列整齊之16個邊緣小鉤；身體後半部有1個卵巢，卵巢前身體中部有1個膨大的子宮，子宮內有1個橢圓胚胎，胚胎內還有第二代或第三代胚胎，所以名為三代蟲，卵巢之後有1個精巢。
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